山西医科大学的前身是山西医学传习所，创建于1919年。学校多次易名，数次迁址。1932年1月，改为私立山西川至医学专科学校。1940年3月，更名为山西大学医学专修科。1946年8月，升格为国立山西大学医学院。新中国成立后，学校步入了一个崭新的发展时期。1953年9月,独立建校，更名为山西医学院。1955年全国高校院系调整时，山西、江苏、山东、浙江四所医学院的卫生系合并组建了山西医学院卫生系，成为全国保留有卫生系的六所高等医学院校之一，并由全国著名卫生学专家、国家一级教授、原江苏医学院院长邵象伊担任院长。1996年9月，更名为山西医科大学。
学校现有两个校区，占地1422亩，建筑面积55万平方米；固定资产总值10.8亿元，其中教学科研仪器设备值3.1亿元；纸质图书141万册。位于山西省太原市中心的老校区以科学研究和研究生教育教学为主，主要承载部分医学类专业本科生后期教育教学、医学类研究生教育教学、部分科学研究、继续教育和职业技术教育、社会服务和与之配套的管理和部分服务功能。位于山西省晋中市山西省高校新校区内的新校区以本科生教育教学为主，主要承载部分医学类专业本科生前期教育教学、非医学类专业本科生教育教学、部分科学研究、留学生教育教学和与之配套的管理和服务功能。
学校现有教职工医护人员6000余人，教师1590人，研究生导师1226人。现有享受政府特殊津贴人员125名，国家级有突出贡献专家2名；国家级教学名师1名，省级教学名师29名，省级研究生教育优秀指导教师17名；教育部新世纪优秀人才5名，“新世纪百千万人才工程”国家级人选2名，山西省学术技术带头人92名，山西省海外高层次人才“百人计划”入选者16名，山西省高等学校优秀青年学术带头人37名，山西省高等学校中青年拔尖创新人才7名；国家优秀教学团队1个，山西省优秀教学团队1个，山西省研究生教育优秀指导教师团队4个；山西省科技创新团队6个，山西省高等学校优秀创新团队2个、山西省高等学校优秀创新团队重点培育对象1个；中央联系的高级专家5名，省委联系的高级专家48名。一批教师荣获全国或全省的模范教师、五一劳动奖章等荣誉称号；一批教师在全国和全省的教师教学基本功竞赛及各类科技奖励中获奖。
学校生源来自全国各省、市、自治区，现有在校生24815人，其中普通本科生15160人，硕士研究生3530人，博士研究生273人，成人本专科生5852人。建校以来，学校培养了以全国首枚“白求恩奖章”获得者、“人民的好医生”赵雪芳、中国工程院院士徐建国为代表的医药卫生专业人才近9万名。近年来，学校积极调整人才培养层次结构，不断深化教育教学改革，人才培养质量不断提高；本科毕业生升学率在30%以上，毕业生就业率保持在80%左右。调查显示，用人单位对我校人才培养的满意度在90%以上，对毕业生专业学习能力、工作责任心等综合素质的评价较高。
学校现有第一临床医学院（第一医院）、第二临床医学院（第二医院）、汾阳学院、基础医学院、公共卫生学院、药学院、法医学院、护理学院、研究生学院、人文社会科学学院、管理学院、马克思主义学院、继续教育学院（职业技术学院）、口腔医学系（口腔医院）、儿科医学系、麻醉学系、医学影像学系、外语系、体育教学部、计算机教学部、临床技能教学模拟医院21个直属学院、系（部），晋祠学院1个独立学院，上海东方临床医学院和检验学系合作共建院系2个。现有3所直属附属医院，其中，第一医院、第二医院是山西省规模最大的综合性三级甲等医院、全国百姓放心医院，技术力量雄厚，医疗水平领先；口腔医院是省内唯一一所三级口腔专科医院，拥有一批先进医疗设备。另有18所非直属附属医院，32个教学医院，88个其它教学基地，15个研究生培养基地，2个科学研究基地。
学校设有临床医学（五年制、“5+3”一体化）、预防医学、法医学、口腔医学、儿科学、医学影像学、麻醉学、护理学、精神医学、药学、中药学、临床药学、药物制剂、医学检验技术、医学实验技术、医学影像技术、生物制药、眼视光学、卫生检验与检疫、康复治疗学、运动康复、社会工作、信息管理与信息系统（医药方向）、公共事业管理（卫生事业管理方向、健康产业管理方向）、劳动与社会保障、英语（医学方向）26个本科专业，涉及医学、工学、管理学、法学、文学五个学科门类。其中，临床医学专业为国家“本科教学工程”地方高校第一批本科专业综合改革试点，临床医学、预防医学、法医学、药学、护理学5个专业为国家级特色专业建设点。
学校是全国首批硕士学位、学士学位授权单位，山西省首批博士学位授权单位，现有生物学、临床医学、公共卫生与预防医学、护理学4个一级学科博士学位授权点，42个二级学科博士学位授权点；生物学、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、药学、中药学、护理学7个一级学科硕士学位授权点，57个二级学科硕士学位授权点；临床医学、口腔医学、公共卫生、护理、药学、应用心理、社会工作、图书情报8个硕士专业学位授权点。
学校生理学为国家重点学科，生物学、公共卫生与预防医学、临床医学3个一级学科设有博士后科研流动站，细胞生理学实验室为省部共建教育部重点实验室，临床技能实训中心、基础医学实验教学中心为国家级实验教学示范中心，重症医学、泌尿外科学、中医护理学、骨科学、肾病学、普通外科学、老年病学、急诊医学、风湿免疫学、护理学、病理学、眼科学、心血管内科13个学科为国家临床重点专科。生物学为山西省优势重点学科，公共卫生与预防医学、临床医学、护理学为山西省特色重点学科。另有省重点学科10个、省级重点实验室10个，省重点科技创新平台等省级重点教学、科研平台10个。
学校科研发展势头良好，科研实力显著增强，科技水平稳步提升。“十二五”期间，科技总经费39456万元；共承担省级以上科技计划项目2074项，其中国家自然科学基金项目190项；发表科研论文9800余篇，其中第一知识产权SCI收录论文800余篇；获专利授权114项，出版著作176部；获省部级科技奖励166项。
学校与美国、德国、澳大利亚、意大利、日本、新加坡以及香港、台湾等多个国家和地区的大学和机构建立了教育、科技、医疗合作关系，并开展了多项实质性的交流合作。
经过九十八年的薪火相传，经过几代人的艰辛拼搏，山西医科大学取得了辉煌成就。在未来的征程中，学校将适应教育发展新常态，继承优良办学传统，紧抓发展机遇，加快发展步伐，为全面建成国内先进、特色鲜明的教学研究型医科大学而努力奋斗。