南阳医专的前身是创办于1951年的南阳卫校。2004年经国家教育部批准升格为南阳医学高等专科学校。2006年南阳市委市政府对南阳医学教育资源进行整合，将南阳中医药学校连同张仲景国医大学（理工学院国医国药系）并入南阳医学高等专科学校，形成了中西医结合、优势互补的办学格局。目前，学校占地1316亩。校舍建筑面积47.8万平方米，教学科研仪器设备总值1.05亿元。馆藏图书150余万册，中外文期刊1520种。学校内设20个党政群团机构，14个教学系(部、院)，6个教辅机构。开设有临床医学、护理、医学影像技术等18个专业，并与美国卡姆登学院、菲律宾伊密里欧学院合作办学。学校有专任教师715人，其中：高级专业技术职务263人（正高60人），硕士以上学位325人，外国文教专家6人。5人被聘为高校硕士、博士生导师。
我校现有专门的科研机构15个，其中市级以上研究机构7个。并建有设备先进，功能配套，面积2300平方米的科研实验中心。2012年学校被批准设立河南省博士后研发基地。艾滋病解剖标本填补国内外空白，中药标本馆、人体生命科学馆全国一流，仲景文化特藏馆独具特色,《国医论坛》为国家级期刊，创办的“中国解剖网”被中国解剖学会确定为专用网站。
学校还建有国家级示范性实训基地1个，省级示范性实训基地建设5个；省级特色专业5个，河南省教改试点专业2个，河南省高等学校专业综合改革试点专业4个，中央财政支持建设专业2个；省级精品课程3门，河南省高等学校精品资源共享课程2门；省级教学团队3个。先后承担、完成了省级教育教改项目10项；国家授权专利201项；国家中医药管理局项目3项；国家自然科学基金项目1项；国家中医药管理局中医药科技专项中标项目1项。先后荣获河南省高等教育教学成果特等奖1项；中华医学科技二等奖1项；湖北省科技成果二等奖1项。2008年在教育部人才培养水平评估中被评为优秀等次；2013年又顺利通过第二轮人才培养工作评估，22项评估指标全部获优。2014年被评为“河南省职业教育品牌示范学校”。
学校自主创建直属附属医院3所，床位3100余张。第一附属医院为国家三级综合医院、全国百姓放心示范医院和河南省全科医师培训基地、河南省住院医师规范化培训基地和全省爱婴医院，规模床位1800张，可独立开展心脏冠状动脉搭桥、心脑血管介入治疗等高难医疗项目。第二附属医院为国家二级甲等中医院和河南省示范性综合实训基地，规模床位500张，近期搬迁新址后，床位扩大到1000张。第三附属医院是以眼科和微创为特色的国家二级综合医院，规模床位300张。三所附属医院均建有较为完备的实训场地和示教场所，承担着我校全部临床教学任务，为同学们实习、见习提供了保证。
学校先后荣获“河南省文明单位”、“河南省职业教育攻坚先进单位”、“河南省示范性高职高专先进单位”、“河南省思想政治工作先进单位”、“河南省高校学生工作先进集体”等荣誉称号40余项。