山东中医药大学创建于1958年，1978年被确定为全国重点建设的中医院校，1981年成为山东省重点高校，1996年经原国家教委批准更名为山东中医药大学，是教育部本科教学工作水平评估优秀学校、山东省首批五所应用基础型人才培养特色名校之一。
2007年学校由济南市历下区主体迁入扁鹊故里——长清，截至2014年5月，总占地1829亩，建筑面积54.5万平方米，仪器设备总值17087.6万元，馆藏纸质图书110万册、电子图书47万册。学校有3所直属附属医院、11所非直属附属医院、22所教学医院、50余处临床教学基地和10家山东省研究生联合培养基地。
截至2014年5月，学校有13个二级学院，下设21个本科专业，涉及医、理、文、工、管等学科门类；有3个博士后科研流动站、3个博士学位授权一级学科、8个硕士学位授权一级学科。学校有全日制在校生近21000人，其中本专科生18100余人，研究生近2600人。