澳门科技大学成立于公元2000年3月，由澳门特区政府行政长官何厚铧颁布「第19/2000号行政命令」授权精英教育发展股份有限公司（Elite — Sociedade de Desenvolvimento Educacional, S.A.）开办澳门科技大学。澳门特区政府以租赁及免除公开竞投方式, 批地151,324平方米供澳门科技大学建立校舍设施之用。成立初期，由于教学大楼尚未完成，需租借澳门中华总商会大楼部份楼层作教学之用。
澳门科技大学是澳门特别行政区在澳门回归之际批准创办的第一所牟利、以培养应用型人才为主的私立大学，大学秉持先进的办学理念，不断优化人才培养模式，努力把学校建成一所开放的大学、一所兼容并蓄的大学、一所国际性的大学，致力为全日制学生以及在职人士提供多元化的高等教育机会。校园总占地面积二十一万平方米，在读学生逾八千人。大学拥有一支精英荟萃的国际化师资队伍，教师们拥有精湛的学术水平广博的实务经验和丰富的教学研究能力，使大学呈现出多元化和国际化的校园文化。大学还聘请了相当一部分国内外著名学者和澳门本地优秀人士为兼职教授和客座教授，以期能给学生带来最高学术水平的知识与启迪，又能对学生进行最具实务意义的教育与培养。
2001年，澳门科技大学得到中国教育部、国务院港澳办公室和公安部的批准和协助，扩大向内地十四个省市招生，大学也是有资格在内地招生的港澳高校之一。
2003年，澳门科技大学获特区政府批准开办国际旅游管理课程。
2006年3月25日，澳门科大医院与澳门药物及健康应用研究所成立。同年，精英教育发展股份有限公司将澳门科技大学的拥有权转予澳门科技大学基金会。