1998年3月6日，经中国证监会批准，南方基金管理有限公司作为国内首批规范的基金管理公司正式成立，成为我国“新基金时代”的起始标志。
2018年1月4日，南方基金管理有限公司整体变更设立为南方基金管理股份有限公司（以下简称“南方基金”）。2019年7月30日，经中国证监会核准，南方基金完成实施员工持股计划，通过员工持股和股东增资，注册资本增至36172万元人民币。目前，南方基金有8家股东，分别为华泰证券股份有限公司、深圳市投资控股有限公司、厦门国际信托有限公司、兴业证券股份有限公司、厦门合泽吉企业管理合伙企业（有限合伙）、厦门合泽祥企业管理合伙企业（有限合伙）、厦门合泽益企业管理合伙企业（有限合伙）、和厦门合泽盈企业管理合伙企业（有限合伙）。
南方基金总部设在深圳，北京、上海、深圳、南京、成都、合肥六地设有分公司，在深圳和香港设有子公司——南方资本管理有限公司（深圳子公司）和南方东英资产管理有限公司（香港子公司）。南方东英是境内基金公司获批成立的第一家境外分支机构；南方资本下设南方股权子公司，主要从事私募股权投资业务。
南方基金以打造“值得托付的全球一流资产管理集团”为愿景，秉承“为客户持续创造价值”的使命，坚持以客户需求为导向，以价值创造为核心，以产品创新为引擎，历经了中国证券市场多次牛熊交替的长期考验，以持续稳健的投资业绩、完善专业的客户服务，赢得了广大基金投资人、社保理事会、年金客户和专户客户的认可和信赖。
截至2022年9月30日，南方基金母子公司合并资产管理规模18033亿元。其中南方基金母公司规模16931亿元，位居行业前列。南方基金公募基金规模10269亿元，客户数量1.83亿，累计向客户分红1649亿元，管理公募基金共304只，产品涵盖股票型、混合型、债券型、货币型、指数型、QDII型、FOF型等。南方基金非公募业务规模6661亿元，在行业中持续保持优势地位。南方资本子公司规模259亿元，南方东英子公司规模843亿元。南方基金已发展成为产品种类丰富、业务领域全面、经营业绩优秀、资产管理规模位居前列的基金管理公司之一。