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　　需要的文件

　　参考基因组：reference.fasta

　　测序文件：bam 格式比对结果文件

　　所需软件： samtools 、gatk 、 Picard

　　

　　GATK需要reference序列是经过index的，而且需要两个index文件，一个是后缀名为.fai的，另外一个是后缀名称为.dict的，缺少这些文件，或者两个文件中的内容不一致都可能导致程序报错。

　　samtools faidx reference.fasta #生成后缀名为.fai

　　gatk CreateSequenceDictionary-R reference.fasta -O reference.dict #生成后缀名为.dict

　　好听的歌曲下载

　　获取路径 ttyinyue.top (复制直接获取歌曲)

　　GATK要求输入的bam文件包含Read groups，如果没有就会报错。

　　Read group是@RG开始，包括以下几个部分：

　　ID= Read group identifier

　　每一个Read group独有的ID；

　　PU= Platform Unit

　　PL= Platform/technology used to produce the read

　　测序使用的平台： ILLUMINA, SOLID, LS454, HELICOS and PACBIO。

　　LB= DNA preparation library identifier

　　对一个read group的reads进行重复序列标记时，需要使用LB来区分reads来自那条lane;有时候，同一个库可能在不同的lane上完成测序;为了加以区分，同一个或不同库只要是在不同的lane产生的reads都要单独给一个ID。

　　SM= Sample

　　reads属于的样品名，自由设定

　　bwa mem -R '@RG ID:group LB:library PL:illumina PU:unit1 SM:676R' ~/ref/reference.fasta read1.fq read2.fq > bulk.sam

　　Picard: 它是目前最著名的组学研究中心-Broad研究所开发的一款强大的NGS数据处理工具，功能方面和Samtools有些重叠，但更多的是互补，它是由java编写的，我们直接下载最新的.jar包就行了。

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