蒙台梭利1870年8月31日出生于意大利安科纳省的席亚拉瓦莱镇。父亲亚历山德罗是个思想保守的贵族后裔，年轻时从过军，后来是文职人员。母亲雷尼尔是个虔诚的天主教徒，心地善良，对蒙台梭利个人的志向一直给以支持和鼓励。蒙台梭利是个独生女，但其父母并不溺爱她，对她规定了严格的纪律。小时候，蒙台梭利每天要做的一项工作就是打扫一些场所，并使它们保持整洁。她对周围的穷人特别同情和关心。有时候，她还充当正在争吵的父母的调解人，使家庭保持和谐的气氛。
6岁时，蒙台梭利进入安科纳的圣尼科洛小学接受初等教育。当时意大利的学校教育状况是令人沮丧的。蒙台梭利在学校的表现并不十份突出。据说，她被认为是一个温柔的但并不特别聪明的小女孩。但是，在早期的学校生活中，蒙台梭利已萌发了关心和照顾未来的儿童的思想，并表现出强烈的个人尊严感。应该看到，蒙台梭利的早期生活对她以后的幼儿教育实践及理论的形成也有一定的影响。
12岁时，蒙台梭利的父母为了使她受到更好的教育，把家搬到了罗马。有一个时期，蒙台梭利像其他女孩子一样想成为一名演员。后来可能受到当银行会计的父亲的影响，她又开始对数学产生了浓厚的兴趣，并在数学方面表现出卓越的才能。从那个时候起，蒙台梭利对自己的未来也有了一些考虑。因此，在中学毕业前夕，当其父母都希望她能选择意大利妇女的传统职业当老师时，蒙台梭利毫不迟疑地说：“除了老师，任何一个职业都可以”。表现了她的独立精神。
1886年（蒙台梭利16岁），蒙台梭利进入高等技术学院，学习现代语言和自然科学，但她喜欢的和学得最好的是数学。她父亲仍要她毕业后当一名教师，而她决心要像班上的男同学一样成为一名工程师。但是，当蒙台梭利快从技术学院毕业时，由于对生物学的强烈兴趣，使她产生了学习医学的想法。女子读医学在当时的意大利是前所未闻的，因此，亲戚和朋友都感到惊讶，不支持她的想法，尤其是她的父亲。
蒙台梭利不顾家人和社会舆论的反对，决心学医。她曾约见当时罗马大学临床医学教授巴克西里。他们进行了一次愉快的谈话。临走时她与教授握手告别，并坚定地说：“我知道我将成为一名医生。”1890年秋，蒙台梭进入了罗马大学医学院，成为意大利教育史上第一个学医的女生。她客服了种种困难，勤奋学习，每年都获得奖学金。为了能自己解决完成学业所需的费用，她还兼任家庭教师。与一些同学不同，在学习期间，她更感兴趣的是医学实践而不是医学学位。经过竞争，蒙台梭利得到了在儿童医院当助手的职位，这使她在从医学院毕业之前就已获得了一些临床经验，特别是在幼儿疾病方面。另外，由于罗马大学环境的影响，她也开始考虑社会改革问题以及怎样为社会作出贡献。
当时，每一个毕业生毕业前都必须在大班作一在公开演讲。蒙台梭利的演讲十分出色，内容充实，再加上她本人的魅力，使演讲获得了成功。被友人拖去听演讲的她的父亲也受到了人们的祝贺，这使得他们父女之间原有的隔阂顿时消失。1896年春，蒙台梭利所写的一篇有关精神病例的毕业论丈获得通过， 她终于成为罗马大学医学院的第一个女毕业生， 成为意大利的第一位女医学博士。
随即在罗马大学附属医院任精神病临床助理医生，诊断和治疗身心缺陷儿童，开始对低能儿童的研究发生了兴趣。她深入研究和检验了伊他（Jean itard）和塞贡（Edward Seguln）的教育低能儿童的方法，在此期间，曾去巴黎和伦敦参观和访问有关低能儿童的教育机构。
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