转录组分析之参考基因组的查找
【方言】生性：粤语，懂事、上进、听话。
这标题的意思是，儿子很听话懂事，生病的母亲对此很欣慰。
（手动DOG脸~~）
没有这种体验，因为我是兽医
那年我们大四，隔壁宿舍新开学大一。
大一新生嘛，刚解放，精力比较旺盛，大四嘛，老油条了，比较懒散。
大一宿舍，天天晚上1 2点还在狂欢，至今记得他们的舍歌是“斑马，斑马”。大四的老油条本来想养生，然后躺平等毕业，想早睡早起，然后沟通几次未果。
本来有多种方式解决的，比如找个学生会的小学弟，找宿管大姐姐，找他们导员小姐姐，毕竟大四了，还是认识几个人的。
后来一想算了，给他们上大学第一课吧。
于是，开始了保留节目——打麻将，要知道在大学宿舍打麻将，打起来是收不住的，一直到凌晨5点，连续一礼拜，隔壁宿舍的哥们，每天早上都是熊猫眼，晚上9点就早早上床休息。
很和谐！！！！！
肯德基不知道，说说麦当劳吧。
我18岁那年，当时和朋友约好了高考完去北京看看。为此我还很努力的攒了半年的零花钱。结果前一天还好好的，考完试准备走的时候，朋友死活联系不上了。打了一堆电话，她妈接了，说朋友要去亲戚家吃晚饭，不去北京了。
我挂了电话瘫在沙发上呆了差不多五分钟，最后想明白一件事:不能因为别人而停下自己的脚步。
我去车站把她的票退了，回来简单收拾了一下，晚上坐上了去北京的火车。
那是我第一次去北京，之前也很少很少出远门。
要坐一整夜的绿皮硬座，周围的人熟悉了互问对方去北京做啥。不外乎就是出差，打工，办事，找人。轮到我了，我说去玩的。周围的人一半黑人问号脸，一半地铁老爷爷看手机。仿佛我在做一件特没6的事。
那时的我，眼神清澈愚蠢，满心里自以为是的聪明。
真好啊。
在北京待了几天后，因为一些原因，没地儿住了。
那时候还没有智能机，我那时候还小也不太敢自己去找酒店，当然主要也是为了省钱。
最后想了很久，想起来麦当劳很多都是24小时营业的，可以去那里待着。
然后出于安全考虑，我选择了王府井的那个麦当劳。因为根据我朴素的智慧，我觉得这个位置肯定最安全，并且晚上大街上也会有很亮的灯不会让人害怕。
当时那家麦当劳，因为生意很好，所以晚上十点以前，保安是不太允许顾客在里面干坐着的。当然他们不会明示，但保安肯定一打眼就知道谁是来吃饭的谁是来蹭座儿的，并采取一定的措施。
所以那个时候，我的记忆就是:
傍晚时分，我坐在天安门城楼斜对面的马路牙子上，看着长安街从明亮到肃穆，从夕阳西下到华灯初上。白天大片大片热闹的游客逐渐散去，路灯悄然点亮，公交车上挤满了回家的人。不时还有住在附近的男人骑个坤车路过，车把上挂着刚买的菜。
这个场景我一直难以忘记，一是这里是很多很多人一生想来可能都来不了的，他却骑个自行车就能到家了。二是这烟火气十足场景，配合要黑未黑的天色，华灯初上的气氛。让我第一次深刻感受到了孤独，那种没地方去无家可归的感觉。
一般十点左右麦当劳就开始清净了，这时候里面的人基本就是:三五成群来写作业的学生，大包小裹还有行李箱的游客，独自吃饭的上班族，几个闲聊的人。大多集中在一楼，二楼人更少。我在这里还见过老外明目张胆的yp。
那种比较舒适的沙发座往往会被学生党占领。我坐在她们旁边，其实心里是有些羡慕的，虽然我家那里也有麦当劳，离我家也不远几个街口，但我学生时期不会这样的。包括我的同学们也都不会。
一般十一点以后基本就没有纯来吃饭的人了。留下的人基本都是要在这里通宵的。
这里麦当劳晚班的餐台那里的工作人员都是老阿姨，年龄看起来都五六十往上，这让我还蛮惊讶的，因为在我家那里麦当劳永远都是年轻人。
这里因为灯火通明人群来往所以会让人时间意识不强，明明已经十一点多了但是不会觉得很晚。
我甚至还因为头发出油厉害了，半夜偷摸在二楼的洗手间洗过头发。用洗手池的温水快速打湿头发，用洗手液当洗发水。冲干净后用烘手机把头发烘干。那时候的烘手机还是那种一个大按钮，按一下出一阵热风，下面也没有接水珠的板子的那种，所以我头才能伸进去吹风。也庆幸那时候我是短头发，省了很多事。
我洗头发包括吹头发的时候，偶尔也会有人进出的，当时觉得自己这样新奇又有趣，现在作为旁观者的角度回忆那个场景，觉得自己就纯纯的流浪汉嘛，不过依然很有趣哎！
印象很深的还有洗手间打扫卫生的大爷，头发花白，看起来说七十多也有人信。半夜的女洗手间里，我听到有经理（领导）在大声的训斥那个大爷，应该就是哪里不干净了，打扫不及时。
真的训斥的很厉害，简直穷凶恶极那种。我听到那个大爷无奈的说:“我刚才看还好好的，不知道又是谁弄脏了balabala”。
听他们的对话，我觉得好难过，年龄那么大了要被训斥成这样。
头发吹的半干，下楼后感觉屋子里会有些闷，索性就去门外面台阶那里坐着。白天热闹的不行的王府井，现在在夜幕里沉默不语。各种灯把这里照的亮亮的。各类巨大的广告牌在灯光下被照的光怪陆离。尽管已是六月份，不过半夜还是有微风沉醉的感觉，清爽舒适。
此时虽然已来北京数天，也逛遍了大街小巷，但在这一刻，我吹着夜风，看着天空的繁星，看着王府井各类店铺广告牌，看着左边尽头的长安街，看着偶尔开过的夜班公交，才突然意识到，咦？我在北京啊。
这是我第一次感受到旅行的趣味:就是那种你突然意识到，那些你曾经想象过，向往过，以为不会去到的地方，自己突然就身处其中的奇妙感。
这个麦当劳大概十二点半左右开始打扫卫生，是那种彻底的打扫，天花板的灯都会被擦一遍。也因为如此，顾客会被挪来挪去。
这里还有一个规定，就是在这里过夜的人不能睡觉。后半夜总会有人撑不住打起瞌睡，这时候会有保安走来走去，看到谁睡着就会去把他推醒，警告一句:不要睡觉！
我记得我实在困得不行，就带上墨镜看报纸，实际在闭眼假寐。现在想想觉得自己也太傻逼了，可是又佩服当时的自己能想出来这么傻逼的主意。而现在的我打死也干不出这样的事了，那个时候好机智啊。
不过等过了凌晨两点多，大部分人都撑不住，或多或少都会睡着，保安管的也不会很严了。这个时候能睡大概两三个小时，因为五点多六点，就会被保安再次推醒:“天亮了，走吧！”
是哒，天亮后保安会用这句话把你赶走。
于是我也就开始了新一天的闲逛，顺便去隔壁肯德基吃个早餐（dog）。
说实话现在的我虽然已经不会在麦当劳肯德基通宵，但我回忆当年这段，依然觉得不可思议，他们就是这么直接毫不掩饰的对待你。
现在的我重新这样来一遍，可能会难过或者愤怒吧，但那时的我，满心都被新鲜有趣的旅行占据，以至于所有事都觉得很棒呢。
当然是广州老市长黎子流系列啦，黎市长官声斐然，带着本土化团队为广州上世纪末的腾飞做出巨大贡献，但一口糟糕的“广普”也着实惹了不少笑话：
有一次，时任某部长的陈慕华（后任副总理）来穗调研，黎市长说：“陈部长呀，您很久没来我们‘肛门’（江门）看看了。”
陈说：“‘肛门’？有什么好看的！”
黎回答说：“没‘大便’（大变），也有小便（小变）呀，“肛门”再过去一点就是‘小鸟天堂’了，好好玩滴。。。。。。
黎去京参加人大会，一进电梯，服务员礼貌地问：“您几楼”？
黎：是我，有何事？
服务员：首长，我问您几楼？
黎：我就是｀你几楼’啊，你怎么认识我的？
……
某次，黎市长带着考察团一道坐船视察琶洲黄埔沿江两岸新貌，不由雅兴大发：“站在床头（船头）看娇妻（郊区），新妻（新区）总比老妻（老区）好，真是越看越欢喜啊”～
—— ——
当然了，这些坊间笑话多为编排，说明当年广东的开放包容程度极高，可以拿领导口音开涮，市民可以电视问政，各种时事栏目也会直言不讳开怼。听说后来有人把这些段子给黎子流市长讲了，他也就哈哈一笑而过，现在还敢吗？多数老广，其实挺怀念那个敢讲敢说的年代～
哈哈哈打开发现好多人回复
是这样的，因为家里原因（不是特别好的事情）我很小就出国啦，原生家庭亲情方面比较冷漠哈，并不是说家人不爱我，就是不是特别热情肉麻可以撒娇的关系。
淘宝虽然那时候已经很盛行，但当时年纪小没怎么在网络上网购过。“亲和亲爱的”的称呼是很甜，但我说的这个sweetie我觉得很甜是因为她真的面对着我很灿烂地微笑。平时生活里也确实没什么人对我称呼特别甜过，因为名字不太好叫昵称的原因，大部分家人或朋友都是喊我全名。之所以说好像找到了家人是因为那时候去没有朋友，很想念家里人。所以一旦有人跟我热情示好我就有种“蛮感动的，好像家人一样。”（加上我是奶奶带大，对老年人很有感情）
不管怎样，这是我很真实的感受。并不是处于不懂得感恩父母的养育或者炫耀自己留学经历的原因。只是在当时那个环境下，有种被抛弃送出去的感觉，也没朋友没家人，很想念奶奶。这个称呼确实是我冲击挺大的。我也很想有人可以甜甜的喊我一句亲昵的昵称（但父母比较严厉是真的不会这么叫我）。
之所以回答这个也是觉得自己那时候的思想好笑，怎么会这样就觉得很开心了（所以才在闹笑话这里写下这个答案）。
很抱歉引起大家的不适。这个回答保留一段时间，希望评论的各位可以刷到解除误解。但我并不觉得我对“sweetie”这个称呼会觉得感动，感觉以前很苦（小时候小，并不懂父母赚钱辛苦，我就想直接的感受他们对我的爱）有什么太大的思想错误。确实这个sweetie有治愈到我一段时间，也让我开始敢于去表达特别热烈的词汇，所以我现在也会喊我朋友“宝贝、宝”这种很肉麻的称呼，以前性格比较内向害羞是真的不会这么叫。有任何我思想不对的地方也可以再指出。
关于学历，我成绩不好，出国确实比较混日子这点我就不辩解了。初三出国混到研究生毕业，除了研究生学校还可以其他的也就是普通学校。目前已经工作八年了。回国后跟父母关系好了很多，反而现在老了，他们偶尔还会叠音叫我，三十多岁还被叠音喊小名有点肉麻，但我很开心。
请各位不要留下关于英国研究生刻板印象的评论，我不希望我这条一开始并未交代其他背景的、引起各位不适的回答突然就被扣在他们头上，并不是每一条你们认为的不感恩、突然在国外就感动的评论都是他们发的，也可能是我这种没头没尾就留一个回答的人随手编辑的。
谢谢各位～
ps.我是广东人，但我小时候不属于很可爱的小朋友，也不常自己出门，所以可能年纪小没什么人喊过靓女哈哈哈哈。而且我待的地区好像确实商店人不常喊靓女的。
还有我说的前十几年人生是指被喊sweetie的时候往前数的十几年人生。我现在都三十多啦！！成年后没这么苦的思想了是真的！
———-以下原答案
刚到英国去超市买东西
老奶奶收银员会微笑喊我sweetie，我前十几年人生从未有人喊我这么甜的称呼。我那叫一个感动！好像找到了家人，特别喜欢这个老奶奶。
后面发现不是称呼甜。是我前十几年过的苦。
对于到手的转录组数据，我们还需要找到合适的参考基因组数据与其进行对比。那究竟如何查找合适的参考基因组呢？接下来我们就来一起探究一下如何查找合适的参考基因组。
对于转录组分析来说，参考基因组就像是一个标准，一个规则。俗话说的好，无规矩不成方圆，在转录组分析过程中也需要一个标准，通过将转录组数据回帖到参考基因组中，从而得到每个基因的read count数，进而得到各基因的表达量信息。
目前对于参考基因组的查找，主要通过查询相关数据库进行寻找，如NCBI数据库，以NCBI数据库为例，我们查找银杏的参考基因组序列，首先在NCBI的搜索栏中搜索银杏的拉丁名Ginkgo biloba L
通过搜索后得到下面图
可以看到图中基因组一栏中，有着一个Assembly(组装)项目，点进去我们即可得到他人上传的已经组装好的银杏基因组。如下图所示
对于其下载，则点击右侧的FTP directory for GenBank assembly，即可进入项目详细目录
参考基因组主要需要两个文件，一个是基因组文件，如上图中GCA_024626585.1_ASM2462658v1_genomic.fna.gz文件，另一个则是基因组注释文件，一般是gtf文件。
2、我们经常可以看到gtf文件和gff文件，以及上图中还出现的gbff文件，那么几者之间有何区别呢？首先是参考基因组中需要用到的gtf文件，GFF全称为general feature format，这种格式主要是用来注释基因组，GTF全称为gene transfer format，主要是用来对基因进行注释。因此两者之间有着细微的不同。在文件格式方面两个也有着细微差异，GTF文件以及GFF文件都由9列数据组成，这两种文件的前8列都是相同的，非常好理解，区别在于第九列，第9列必须以gene_id以及transcript_id开头,GTF文件的第9列同GFF文件不同，虽然同样是标签与值配对的情况，但标签与值之间以空格分开，且每个特征之后都要有分号。当只有gff文件时，可将gff文件转化为gtf文件，如使用Cufflinks里面的工具gffread，即可进行转化；gbff格式主要是GenBank数据库常用的数据记录格式。整体可以分为3部分：描述部分，注释部分和序列部分。
描述部分中LOCUS表示基因的位置，长度，分子类型，数据更新的最后时间。
Definition描述基因的名称，是否为编码区，以及位于那条染色体上。
Accession：表示的是检索号，Version表示版本号，Source表示物种来源，Organism表述具体的物种分类，以及
注释部分（Feature）描述基因和基因的产物，以及序列相关的生物学特征。对该序列的RNA，CDS和gene进行描述。
序列部分（Origin）展示的就是核苷酸序列，以“//”结尾。如果展示的是真核生物的基因，那么基因组中还包括了除了exon之外的部分，具体的Reference参考文献。
gff格式文件
gtf格式文件
gbff格式文件的描述部分
gbff格式文件的注释部分第二个常用的数据库是Ensemble数据库
Ensemble数据库点击中间搜索栏即可进行搜索
参考基因组序列点击Download DNA Sequence进行下载参考基因组序列
参考基因组注释文件点击右侧Download GTF文件下载参考基因组注释文件
3、除此之外还可以通过查找相关文献的方式进行查找参考基因组，如本次实验中查找银杏参考基因组，就选用的是下面该篇文章中的参考基因组
The nearly complete genome of Ginkgo bilobailluminates gymnosperm evolution好了，这就是今天的如何查找合适的参考基因组及其注释文件，继续关注我，带你学更多的转录组知识哦！！！还可以关注我的微信公众号：小陳日常二三事，里面有着更多的惊喜等着大家哦！！！