高校科研质量在一定程度上，反映了高校教师的科研实力，是高校科研实力的一部分，高校科研实力的高低，除了科研规模外，科研质量同样非常重要。国内高校时常被国外高校“看不起”的便是不注重科研质量，以量取胜，因而，对于国内高校而言，提高科研质量尤为重要。一般来说，科研质量可以采用FWCI指数评价，FWCI为论文的被引用次数与同类型论文的平均被引用次数之比，高校的FWCI>=1，说明该高校的论文质量达到并超过了世界平均水平。
清华大学清华、北大是国内的顶尖高校，科研实力同样远超国内其他的高校，然而，就科研质量来说，清华、北大并不能排前三，起码并不能超过中科大。不过，令人意外的是，有三所“四非”大学，其科研质量水平超过了中科大，分别是南方科技大学、渤海大学和辽宁工业大学。
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南方科技大学其中，南方科技大学是高等教育改革试验校，属于创新性高校，建校的目的便是参与国家的重大科学技术研究，因而，南方科技大学尽管建校仅几年，但科研质量高是无可厚非的，不过因为科研人员不多，每年的论文数量很少。
渤海大学南科大的科研质量高我们可以理解，不过渤海大学和辽宁工业大学作为两所“二本”大学，科研质量却不可思议的超过了中科大以及清华、北大。不过FWCI指数不存在造假的可能，只能说明这两所大学在科研上还是不错的，尽管科研规模很低。
辽宁工业大学当然，除了这三所“非211”大学外，中国科学技术大学论文质量最好，而且论文数量远超前面三所“非211”大学，可见，尽管南科大、渤大、辽工大三所大学科研质量超清华、北大和中科大，但很显然，其与中科大、清华和北大仍然不是同一个层次的存在，因为论文数量的差距太明显。
中国科学技术大学如下图为国内100所FWCI>=1的高校，可以看出，科研质量最好的100所大学中不乏有“四非”大学，甚至很多“二本”大学也上了榜，但这并不意味着这些大学科研实力就超过了985、211等名校，在科研规模上，这些高校远远不如985、211大学，二本终究是二本。
2018年软科高校科研质量排名不过，值得一提的是，在科研质量前100的大学中，相同层次的名校中，论文数量多的高校，往往科研质量不高，例如上海交通大学和浙江大学，论文数量遥遥领先，但论文的质量却并不高，而与上交大和浙大同层次的高校中，中科大和南京大学论文数量仅为这两所大学的一般，但科研质量却远超它们。可见，高校的科研实力不仅仅只要数量，质量更为重要。
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