话说1995年举办的第二届拳皇大赛以卢卡尔自爆而亡结束，格斗家再次以为世界恢复了和平。但真的是这样吗？当然不是！三神器之一的神乐家族发现了一件恐怖的事情——1800年前被封印的大蛇已经不再沉睡，马上就要降临人间！独力难支的她想要通过再次举办格斗大赛，将世界上最强大的格斗家聚集在一起电影先生，商讨阻止大蛇复活的办法，拳皇96的故事从此开始。
神乐千鹤先找到了日本财团，毕竟举办比赛需要大量金钱的支持，她又不是卢卡尔那种军火商，而财团也对拳皇比赛这件事非常感兴趣（提高自身的影响力），于是两者一拍即合。
本次大赛坂崎由莉由于父亲的要求，只能跟着哥哥坂崎良组队，失去一名成员的女性格斗家队找到了与极限流不对付的藤堂香澄，哈迪伦退居幕后，让自己的养女莉安娜代替自己参赛，来自南镇的三个大佬吉斯、克劳萨和MR·BIG也莫名其妙的组成了队伍参赛。当然，还少不了打着“杀死草薙京”旗号的八神庵，这次他又找了两个队友（听从高尼兹安排来监视他）麦卓和薇思。
九组队伍经过激烈的角逐，终于决出了最终的获胜者。这时候，大赛的举办者神乐千鹤（如果玩家的队伍中已经有了神乐千鹤，她的姐姐神乐万龟就会以魂魄的状态来测试）也走了出来，她的目的就是为了考研胜者真正的实力，看是否可以帮自己维护大蛇的封印。
原来，在660年前，八神庵的祖先因为想要获得大蛇之血的力量来增强自己家族的实力，偷偷的和大蛇达成了协议，通过解封大蛇八杰集换取了大蛇之血。八杰集之一的高尼兹已经转世，在他十八岁的时候就击败了想要夺取大蛇之血的卢卡尔，并弄瞎了他的一只眼睛。
在那之后，高尼兹为了解除大蛇的封印四处奔走，他唤醒了莉安娜体内的大蛇之血，导致莉安娜失去理智杀害了自己的父母，他偷袭了神乐千鹤的姐姐神乐万龟，导致神乐万龟被杀，直到找上了草薙京，并单手接下了草薙京的绝招“大蛇薙”，他才觉得此时的三神器家族已经不足为虑，留着他们，让他们亲眼见证自己守护的世界被清洗，高尼兹由于这种恶趣味没有杀掉草薙京。大蛇四天王果然名不虚传。
千万记住不要给对手留血皮，要不然遭殃的往往是自己，高尼兹就是最好的例子。虽然高尼兹实力强大，一众格斗家都是他的对手，但三神器岂是浪得虚名？八神庵成为了最大的黑马，在神乐千鹤的劝说下（谁要你多嘴？守护草薙京就是我的使命），三人动用了祖传神器的力量。神乐千鹤用八咫镜封印了高尼兹的能力，八神庵用八酒杯禁锢了高尼兹，最后由草薙京一招刻苦修炼的无式，再次把高尼兹封印（大蛇的族人都无法被杀死，所以莉安娜才是真正的大蛇八杰集一员）。
如果玩家调皮的选择了高尼兹，结局就会变为神乐千鹤使用八咫镜复制了一个高尼兹（八咫镜还真是万能神奇，什么草薙京、八尺琼勾玉根本没得比），然后两个高尼兹大战，虽然真正的高尼兹获得了胜利，但八咫镜的神奇之处就在于复制出的高尼兹在消失后所受的伤害都转移到了真正的高尼兹身上，结局还是被封印。
高尼兹的出现还是让莉安娜想起了自己童年的记忆，好在有两位队友的开解，莉安娜总算走出了当年的阴影。但也为拳皇97的暴走埋下了伏笔。
而倒霉的薇思和麦卓就没有那么幸运了，即将被封印的高尼兹告诉她们死期将近。由于高尼兹的出现，八神庵体内的大蛇之血暴走，两人双双被八神庵杀死。（这还是不是真正的大蛇一族，人家高尼兹都是不死的，这两位直接打了酱油。）
三神器大战高尼兹的故事至此结束，拳皇大蛇篇即将迎来最后的结局，三神器的后人大战地球意志大蛇。
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