打脸了!自称学霸,最后发现全实验室只有我自己没有一篇论文!

  

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  一个实验人的自救

  大家好!本人在读某985医学院研二医学生,实验室学霸一枚!

  最近,我们组举办了一场实验室茶话会(也就是比惨大会),万万没想到,我成功登顶实验室的悲惨小王子。比惨谈话实录如下,(请大家不要对号入座)

  1号学姐:

  动物房的老鼠有多贵气,大家都知道吧,夏天我们能热死,但绝对不能热到它们。

  最惨的不是我没养好它,而是由于管理不当,流浪猫咪吃了我养的第一批小鼠!!!我甚至来不及为我的鼠儿子举办一场葬礼!

  2号师兄:

  刚养细胞那会,为了杜绝所有的可能污染源,我特地把培养箱里面金贵的振荡器拿出来高压灭菌。

  当我从热气腾腾的灭菌锅里拿出出炉的振荡器,准备养细胞时,插上电源,噼里啪啦一阵响,刚开始干活就毁了一台一万多的仪器。

  3号师妹:

  记得刚来实验室的那会,师兄让我做质粒转化。结果一个菌落都没长出来,突然想起来,氨苄抗性的质粒涂在卡那抗性的平板上了。

  这不是最惨的,最惨的我把质粒给随手扔了!在师兄没灭了我之前,我只好翻遍实验室的所有垃圾桶,那酸爽,我至今难忘!

  我:

  最近,我在准备毕业论文,昨天,莫名其妙被导师揪去办公室数落,说我做实验不够系统细致,很多都是自己想当然地做、不考虑清楚实验的目的和意义。

  总之,我被贬得一无是处!心情非常低落,觉得自己好失败、发文章好难、毕业无望了!

  被导师骂得灰头土脸不说,最惨的是:我一直自认为是整个实验室最有科研慧根的靓仔,在这场茶话会上,我发现,全实验室就剩我一个人没发过SCI了......家人们,我彻底破防了!

  痛定思痛之下,我在实验室独自摸索了一个月。甚至,自学了原核表达和蛋白纯化还有乱七八糟的各种实验。

  今天,为了重建我的实验室“学霸”人设,我决定分享给大家一份生物分子类实验室常用的实验技术原理,好用到爆,保证让你学会就能找回往日在实验室丢失的脸面!(别赞了,要脸!)

  1

  GST pull-down实验

  基本原理:将靶蛋白-GST融合蛋白亲和固化在谷胱甘肽亲和树脂上,作为与目的蛋白亲和的支撑物,充当一种“诱饵蛋白”,目的蛋白溶液过柱,可从中捕获与之相互作用的“捕获蛋白”(目的蛋白),洗脱结合物后通过SDS-PAGE电泳分析,从而证实两种蛋白间的相互作用或筛选相应的目的蛋白,“诱饵蛋白”和“捕获蛋白”均可通过细胞裂解物、纯化的蛋白、表达系统以及体外转录翻译系统等方法获得。此方法简单易行,操作方便。注:GST即谷胱甘肽巯基转移酶(glutathione S-transferase)

  2

  足印法(Footprinting)

  足印法(Footprinting)是一种用来测定DNA-蛋白质专一性结合的方法,用于检测目的DNA序列与特定蛋白质的结合,也可展示蛋白质因子同特定DNA片段之间的结合。

  其原理为:DNA和蛋白质结合后,DNA与蛋白的结合区域不能被DNase(脱氧核糖核酸酶)分解,在对目的DNA序列进行检测时便出现了一段无DNA序列的空白区(即蛋白质结合区),从而了解与蛋白质结合部位的核苷酸数目及其核苷酸序列。

  3

  染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation)

  染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,利用该技术不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用,还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰以及转录因子与基因表达的关系。

  染色质免疫沉淀技术的原理是:在生理状态下把细胞内的DNA与蛋白质交联在一起,通过超声或酶处理将染色质切为小片段后,利用抗原抗体的特异性识别 反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来。

  染色质免疫沉淀技术一般包括细胞固定,染色质断裂,染色质免疫沉淀,交联反应的逆转,DNA的纯化及鉴定。

  4

  基因芯片(DNA芯片)技术

  基因芯片指将大量探针分子固定于支持物上后与标记的样品分子进行杂交,通过检测每个探针分子的杂交信号强度进而获取样品分子的数量和序列信息。

  通俗地说,就是通过微加工技术 ,将数以万计、乃至百万计的特定序列的DNA片段(基因探针),有规律地排列固定于2cm2 的硅片、玻片等支持物上,构成的一个二维DNA探针阵列,被称为基因芯片。基因芯片主要用于基因检测工作 。

  基因芯片的测序原理是杂交测序方法,即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法,在一块基片表面固定了序列已知的八核苷酸的探针。

  当溶液中带有荧光标记的核酸序列TATGCAATCTAG,与基因芯片上对应位置的核酸探针产生互补匹配时,通过确定荧光强度最强的探针位置,获得一组序列完全互补的探针序列。据此可重组出靶核酸的序列。

  

  5

  高效液相色谱(HPLC)

  高效液相色谱法是在经典色谱法的基础上,引用了气相色谱的理论,在技术上,流动相改为高压输送;色谱柱是以特殊的方法用小粒径的填料填充而成,从而使柱效大大高于经典液相色谱(每米塔板数可达几万或几十万);同时柱后连有高灵敏度的检测器,可对流出物进行连续检测。

  高压泵将贮液罐的流动相经进样器送入色谱柱中,然后从检测器的出口流出,这时整个系统就被流动相充满。当欲分离样品从进样器进入时,流经进样器的流动相将其带入色谱柱中进行分离,分离后不同组分依先后顺序进入检测器,记录仪将进入检测器的信号记录下来,得到液相色谱图。

  

  

  6

  酵母双杂交(Y2H)

  

  

  

  

  

  

  

  7

  噬菌体展示技术

  噬菌体展示技术是将外源蛋白或多肽的DNA序列插入到噬菌体外壳蛋白结构基因的适当位置,使外源基因随外壳蛋白的表达而表达,同时,外源蛋白随噬菌体的重新组装而展示到噬菌体表面的生物技术。

  噬菌体展示技术是将多肽或蛋白质的编码基因或目的基因片段克隆入噬菌体外壳蛋白结构基因的适当位置,在阅读框正确且不影响其他外壳蛋白正常功能的情况下,使外源多肽或蛋白与外壳蛋白融合表达,融合蛋白随子代噬菌体的重新组装而展示在噬菌体表面。被展示的多肽或蛋白可以保持相对独立的空间结构和生物活性,以利于靶分子的识别和结合。肽库与固相上的靶蛋白分子经过一定时间孵育后,洗去未结合的游离噬菌体,然后以竞争受体或酸洗脱下与靶分子结合吸附的噬菌体,洗脱的噬菌体感染宿主细胞后经繁殖扩增,进行下一轮洗脱,经过3轮~5轮的“吸附-洗脱-扩增”后,与靶分子特异结合的噬菌体得到高度富集。所得的噬菌体制剂可用来做进一步富集有期望结合特性的目标噬菌体。

  

  8

  RNA提取(Trizol法)

  Trizol试剂中的主要成分为异硫氰酸胍和苯酚,其中异硫氰酸胍可裂解细胞,促使核蛋白体的解离,使RNA与蛋白质分离,并将RNA释放到溶液中。当加入氯仿时,它可抽提酸性的苯酚,而酸性苯酚可促使RNA进入水相,离心后可形成水相层和有机层,这样RNA与仍留在有机相中的蛋白质和DNA分离开。水相层(无色)主要为RNA,有机层(黄色)主要为DNA和蛋白质。

  

  

  

  9

  RT-PCR

  RT-PCR是将RNA的反转录(RT)和cDNA的聚合酶链式扩增(PCR)相结合的技术。首先经反转录酶的作用从RNA合成 cDNA,再以cDNA为模板,扩增合成目的片段。RT-PCR可以一步法或两步法的形式进行。在两步法RT-PCR中,每一步都在最佳条件下进行。

  实验步骤:

  1、RNA的提取;

  2、反转录合成cDNA;

  3、PCR扩增;

  4、产物的电泳和结果的测定。

  10

  实时荧光定量PCR(Q-PCR)

  利用荧光信号的变化实时检测PCR扩增反应中每一个循环扩增产物量的变化,通过Ct值和标准曲线的关系对起始模板进行定量分析。

  阈值:是循环开始3~15个循环的荧光信号的标准偏差的10倍,设定在扩增曲线指数增长期。

  C(t)值:荧光信号(扩增产物)到达阈值时所经过的扩增循环次数。

  

  

  

  篇幅有限,需要更多实验室常用实验技术原理,在此给大家推荐一本《分子生物学实验:实用操作技术与应用案例》!

  这是一本绝对能一扫你心中阴霾的科研好书,妥妥的让基础科研中的实验小妖精瞬间化身为你的贴心小棉袄。经本人亲自试吃,哪里不会翻哪里,简直不要太贴心实用!

  

  这本书有多贴心,实用呢?我先带大家翻翻这本书的目录。

  目录

  前言

  上篇 实验操作技术

  第一章 核酸分析与分子克隆技术

  一、用PCR扩增目的DNA片段

  二、琼脂糖凝胶电泳

  三、DNA片段的回收

  四、用乙醇沉淀法浓缩DNA样品

  五、目的DNA片段的连接

  六、感受态细胞的制备

  七、质粒DNA的转化

  八、质粒DNA的提取

  九、质粒的酶切

  十、利用Gateway技术构建植物表达载体

  十一、Southern杂交分析

  第二章 蛋白质分析技术

  一、植物组织总蛋白提取及含量的测定

  二、聚丙烯酰胺凝胶电泳

  三、Western blotting分析

  叫、Far Western blotting分析

  五、重组蛋白的表达和纯化技术

  六、蛋白兔抗的制备

  七、蛋白互作分析实验技术

  第三章 农杆菌介导的植物转基因操作技术

  一、原理

  二、实验操作流程

  第四章 基因差异表达分析技术

  一、抑制消减杂交

  二、cDNA芯片杂交

  第五章 DNA与蛋白互作分析技术

  一、染色质免疫共沉淀技术

  二、凝胶阻滞分析技术

  下篇 应用实例

  第六章 通路克隆技术入门载体的改造

  一、含有Rubisco小亚基启动子和叶绿体基质定位序列的通路克隆入门载体的构建

  二、通路克隆入门载体pEN-L4*-PrbcS-*T-GFP-L3*的构建

  三、通路克隆入门载体pENTR*-T-GFP的构建及功能验证

  第七章 用Gateway技术构建目的基因的光诱导型植物表达载体

  一、光诱导型GFP基因植物表达载体的构建

  二、光诱导型Gus基因植物表达载体的构建

  三、光诱导型hps/phi融合基因植物表达载体的构建

  四、拟南芥细胞质型苹果酸脱氢酶基因AMDH光诱导型植物表达载体的构建

  第八章 用Gateway技术构建目的基因的组成型植物表达载体

  一、GFP基因植物组成型表达载体的构建

  二、短芽孢杆菌甲醛脱氢酶基因植物表达载体的构建

  三、大豆14-3-3a基因(SGF14a)植物表达载体的构建

  第九章 用Gateway技术构建目的基因与报告基因融合植物表达载体

  一、大豆转录因子GmbH[.H30与GFP融合基因植物表达载体的构建

  二、拟南芥RCA启动子和荧光素酶基因LUC融合表达载体的构建及应用

  第十章 用Gateway技术构建目的基因的RNAi干扰植物表达载体

  蚕豆PPlc基因抑制表达载体的构建与应用

  第十一章 用Gateway技术构建串联两个目的基因表达盒的植物表达载体

  二羟基丙酮合成酶和二羟基丙酮激酶基因表达盒串联的植物表达载体构建

  第十二章 用经典的酶切连接技术构建目的基因的植物表达载体

  一、柠檬酸合成酶基因cs光诱导型植物表达载体pPZP21111-PrbcS删的构建

  二、芹菜丝氨酸乙酰转移酶基因的植物表达载体构建

  第十三章 利用植物表达载体转化植物及转基因植物表型分析

  一、用GFt,和Gus植物表达载体产生转基因植物及转基因的整合与表达分析

  二、用植物表达载体pK2-35S-PrbcS-*T-has/phi转化天竺葵获得转基因植株及表型分析

  三、用植物表达载体pK-35S-PrbcS-*T-DAK-PROLD-PrbcS-*T-DAS转化拟南芥获得转基因植株及表型分析

  四、用植物表达载体一pPZP211一PrbcS一cs转化烟草获得转基因植株及表型分析

  五、用植物表达载体p1300一Surperpromoter-AgSAT转化烟草及转基因植株表型分析

  六、利用CS和PEPC的表达载体产生双转基因烟草及表型分析-

  第十四章 原核表达载体的构建和应用

  一、恶臭假单胞菌谷胱甘肽一非依赖型甲醛脱氢酶的原核表达载体的构建和应用

  二、黑大豆醛脱氢酶基因原核表达载体的构建和应用

  第十五章 酵母表达载体的构建及应用

  AtHSFAid基因在酵母中的表达与功能分析

  第十六章 利用ssH cDNA文库技术分析基因的差异表达

  一、喷施甲醇的蚕豆叶片中上调表达基因的分离与鉴定

  二、甲醛胁迫拟南芥叶片中下调表达基因的分离与鉴定

  第十七章 利用DNA芯片技术分析基因的差异表达

  一、用拟南芥全基因组芯片杂交分析基因的差异表达

  二、用大豆全基因组芯片杂交分析基因的差异表达

  第十八章 利用免疫共沉淀技术分析体内蛋白与蛋白之间的的相互作用

  一、用免疫共沉淀分析铝胁迫下大豆根中14-3-3蛋白对质膜H+-ATPase活性的调控

  二、用免疫共沉淀分析烟草质膜H+-ATPase与14-3-3蛋白的互作对干旱胁迫的应答

  三、用免疫共沉淀分析云南红梨果皮转录因子MYB、bHLH和WD40的互作模式

  第十九章 利用双分子荧光技术分析植物体内转录因子间的相互作用

  在洋葱表皮细胞中验证PyMYB、PybHLH和PyWD40之间的相互模式

  第二十章 用:Pulldown和Far Western blot技术做体外实验分析蛋白质之间的互作

  PyMYB、PybHLH和PyWD40重组蛋白之间互作模式分析

  第二十一章 用chIP分析植物体内转录因子和启动子的结合

  一、云南红梨果皮MYB转录因子结合花青素结构基因启动子元件的分析

  二、甲醇和乙醇刺激对烟草转录因子RSG与GA200x1启动子结合的影响

  第二十二章 利用。EMSA技术做体外实验分析转录因子和基因启动子元件的结合

  EMSA分析在体外ayMyB与花青素合成结构基因启动子的结合

  第二十三章 利用PcR技术筛选拟南芥的T-DNA插入突变体

  一、拟南芥SHMIY纯合T-DNA插入突变体的筛选

  二、拟南芥HY5纯合T-DNA插入突变体的筛选

  三、拟南芥bHLH30纯合T-DNA插入突变体的筛选

  参考文献

  附录

  一、常用抗生素贮存液配制方法

  二、常用培养基的配制

  三、常用菌种的特性

  四、常用质粒载体图谱

  五、转基因生物表型常见生理生化指标的分析方法

  全书共分为两部分,上篇介绍了分子生物学的常用技术和方法, 基本原理、材料准备操作步骤和注意事项等内容均囊括其中,实用性、通用性和可行性强,确保每位读者在此书的指导下能独立完成实验。

  下篇则用了很大的篇幅介绍这些实验技术的应用实例,对这些具体应用实例的阅读和了解,使得刚开始接触和需要应用分子生物技术的学生或研究人员能很容易地理解这些实验技术的操作方法及应用过程中各环节的要求,并使之尽快入门,学会应用这些实验技术设计自己的实验方案。

  内页插图清晰明了,阅读体验感超棒!