北洋风云，南北二次统一的完成，段祺瑞同意推黎元洪为总统
袁世凯死后，北洋军阀原拟推徐世昌、段祺瑞或冯国璋继任总统。在三人中推戴何人，他们虽没有取得一致，但有一个共同点，就是反对北洋派以外的南方军人黎元洪为总统。当时，西南护国军对黎元洪表示拥戴，他们不能不顾虑到如果黎元洪做了总统，将倒在西南方面，对北洋派不利。
徐世昌虽是北洋派元老，究竟不是军人出身，不便出面来争总统。他认为：黎元洪是个手无寸铁的南方军人，不足为北洋派之患；黎元洪在北京做总统，事实上等于北洋派手中的高级政治俘虏，不可能为西南护国军服务；北洋派必须利用西南方面所能同意的总统，推进南北统一，而南北统一正是北洋派争取喘息时间团结内部所必需的。
冯国璋自从召集南京会议、阴谋篡夺总统以来，引起了全国各方面的重大反感，就是北洋派附属军头目张勋、倪嗣冲等也都大为不满。而且袁世凯一死，他在东南半壁“举足轻重”的地位也随之消失，他出任总统的客观条件已不具备。因此，袁世凯死后，内阁总理段祺瑞便成为北方时局的核心人物。
段祺瑞不是不想做总统，他看到一手创造北洋派的袁世凯，尚且无力控制北洋派，他的威望远不及袁世凯，而冯国璋又在野心勃勃地竞争北洋派领袖的地位，如果他继任总统，必然引起北洋派的更大分裂，也必然招致西南护国军的激烈反对。
他准备采取另外一种做法，就是把总统独裁制转变为“责任内阁制”，把黎元洪扶在傀儡总统的位子上，自己却以内阁总理形成另一形式的个人军事独裁。他估计到西南各省没有理由反对责任内阁制，因为这个制度就是国民党及南方各党派所一致力争而没有争到手的。利用责任内阁之名，以行军事独裁之实，这就是段祺瑞同意推举黎元洪为总统的真正原因。
但是，北洋军阀并不了解段祺瑞的意图，所以袁世凯死后，在北京的一些军阀头目和军事代表们齐集国务院，一致反对黎元洪为总统。段祺瑞花了很大工夫才把他们说服，随即发表以黎元洪继任总统的公报。
公报发表后，在远处的北洋军阀不知底细，还发生了一件隔靴搔痒的奇闻。六月八日，全国各机关收到从四川泸州发出的一个庚电，发电人为“滇黔军总司令蔡松坡”、北洋军第二路司令张敬尧和他们所属的南北两军前敌将领。
这个电报说，蔡锷曾向西南独立各省建议推举段祺瑞为临时总统，西南各省表示接受，张敬尧也表示赞成，因此他们联名再向各省提出，如果大家一致同意，即请会衔发表，以促其成。这个电报非常惹人注目，因为两个领衔人在几天以前还是正面敌人，此时忽然联合提出建议，表现了“南北一家”的新气象，不能不引起人们的怀疑。
果然，仅在几天之后，蔡锷通电声明对这个电报毫无所知。本来“庚电”早就存在一些漏洞，例如：电报署名从来没有不用本名而用别号的；并且蔡锷所担任的职务是云南护国军第一军总司令，不是什么“滇黔军总司令”。蔡锷通电否认后，人们才明白这个电报是张敬尧为拥段祺瑞而捏造出来的。
黎元洪就职后，段祺瑞电请西南护国军取消军务院，西南各省取消独立，以便实现统一。六月十六日，北京政府下令停战，并着各省军队撤归原防。
黎元洪通电就职的一天（六月七日），进步党领袖梁启超发表虞电说：“收拾北方，惟段祺瑞是赖。南方宜力予援助，毋令势孤，更不可怀彼我成见，致生恶感。即对袁世凯亦不妨表相当之哀悼，以示洪量而揽同情。”这个电报完全暴露了参加讨袁世凯事业的政党领袖的妥协态度。
同样，西南各省实力派也并不反对这个继袁世凯而起、以北洋派为核心的“中央”。六月十日，云南都督唐继尧以军务院抚军长的名义向北京政府提出解决时局办法四条：
（一） 恢复民元约法，（二）恢复民二被非法解散的国会，（三）惩办帝制祸首杨度等十三人，（四）召集军事善后会议。
电报声明：此项意见如被接受，西南各省即可取消独立，军务院即可撤销。随后代理军务院抚军长岑春煊、广西都督陆荣廷等还怕条件提得过火，又作了补充说明，承认段祺瑞内阁为事实上之内阁，以待国会召开时予以追认。
以上四个条件，前三条都是西南实力派用以结束战争的门面话，实际上他们所关心的只有第四条，就是举行一次南北军阀的分赃会议，以便稳固和扩大他们的地盘地位，并在中央政权机构内“分尝杯羹”。
六月九日，由日本回到上海的孙中山再次发表宣言，指出“袁世凯氏未去，当与国民共任讨贼之事；袁世凯氏既死，当与国民共荷监督之责，不使谋危害民国者复生于国内。”这个意见没有受到各方的重视。尽管国民党两派、进步党、西南实力派对收拾时局的目的各有不同，但在恢复旧约法和恢复国会的问题上却有共同之点。
关于约法问题，旧约法是国民党当权时期制定的，而新约法则是袁世凯一手制造的，帝制既经推翻，叛国者的工具当然不能继续有效，所以进步党和西南实力派对这个问题都不能另有主张。关于国会问题，国民党虽号称为国会中的第一大政党，但此时已有名无实，进步党企图利用讨袁世凯战争时期所取得的政治影响，联合国民党之一部，在国会中取得垄断地位。西南实力派也想利用国会以限制北洋军阀“独占中央”，所以他们都不反对恢复国会。
西南护国军所提的四个条件，看起来并不是高调，但与段祺瑞的意见有一定程度的距离，因而军务院的撤销和西南各省的取消独立，不能很快实现。
首先是约法问题上的分歧。六月六日由段祺瑞代拟的袁世凯的遗令，乃是根据“约法”第二十九条，以副总统黎元洪继任大总统。这个约法指的不是旧约法而是新约法。这一措施立刻在全国引起了激烈反对，孙中山、黄兴、唐绍仪、汤化龙、孙洪伊等纷纷发表通电，一致赞成由黎元洪继任总统，但是坚决反对以新约法为黎元洪继任总统的法律根据。
在上海自行集会的国会议员二百九十九人发表通电说：“现在黎元洪大总统继任，实根据民国二年十月国会所制定的大总统选举法第五条之规定，应继承本任总统袁世凯之任期至民国七年十月为止。袁世凯遗命及段祺瑞通告所称，依约法第二十九条由副总统代理之说，系根据袁世凯民国三年私造之约法，万难承认。”
事实上，以新约法为黎元洪继任总统的法律根据是完全站不住脚的。因为：以旧约法为基础的总统选举法，规定大总统缺位时，由副总统“继任”；以新约法为基础的总统选举法，则规定大总统出缺时，由副总统“代理”，应在三天内在金匮石屋中启示前大总统所预先推荐的三人名单，组织总统选举会，在三人中选定一人为总统。
此时既无选举机关，长期代理又无根据，因此引用新约法第二十九条来处理总统问题，是不对头的。
在全国一致反对新约法的呼声中，段祺瑞向各省军民长官发出漾电（六月二十三日）说：“民三约法，履行已久，历经依据，以为行政之准。一语抹煞，则国中一切政令，均将因而动摇，不惟国际条约关系至重，不容不再三审慎，而国内公债以及法庭判决，将无不可一翻前案。”
他在通电中极力解释他对新旧约法毫无成见，只是以命令变更法律，不敢随声附和。他所提出的理由是：“今日命令复之，明日命令废之，将视法律为何物？且甲氏命令复之，乙氏又何不可命令废之？可施之于约法者，又何不可施之于宪法？如是则元首每有更代，法律随为转移，人民将何所遵循？”
他发出这个电报，其目的是想仿照民国元年召集南京参议院的办法，由各省军民长官各派代表三人到北京组织“修正约法委员会”，在新旧约法之外产生另一约法，也就是完全合乎他的要求的新新约法。
另一方面，他又想仿照袁世凯的办法，利用北洋军阀为其应声虫，以求实现其毁法造法的个人野心。但是，由于他的威望远不及袁世凯，就在北洋军阀集团内部也有江苏将军冯国璋、河南将军赵倜，主张恢复旧约法，和他的步调并不一致。西南各省的反对就更不用说了。
段祺瑞的漾电招致了全国各方面的坚决反对。广东政客集团中的唐绍仪、梁启超、伍廷芳等回电反驳说：“三年约法绝对不能视为法律。此次宣言恢复（指旧约法），绝对不能视为变更。今大总统之继任及国务院之成立，均根据于元年约法。一法不能两容，三年约法若合法，则元年约法为非法。然三年约法，不特国人均不认其为法，即今大总统及国务院之地位，皆必先不认为法，而始能存在也。”
这个电报不仅提及总统继任问题的法律根据，同时还涉及国务院成立问题的法律根据。因为在新约法的条文上，根本就没有国务院这个组织机构，如果新约法应当视为有效，国务院本身就将成为一个非法机关。
其次是对国会问题的分歧。这是段祺瑞与西南方面最根本的分歧。由于这个问题隐藏在约法问题的后面，因此并不显得突出。其实，国会问题与约法问题是一个问题的两面：旧约法是袁世凯以非法命令废止了的，而国会也是袁世凯以非法命令解散了的，如果旧约法应当恢复，国会同样应当恢复。
根据当时的内幕消息，段祺瑞的内心并不支持新约法，因为新约法以总统制为其主要内容，并不符合于他所采取的责任内阁制的要求，而旧约法则以责任内阁制为其主要内容，对他反为有利。但是，伴随着旧约法的恢复，国会也将得到恢复，段祺瑞所顾虑的就是这个以国民党为多数党的国会，将会成为他推行个人军事抽裁的一大障碍，因此宁可保持新约法而不愿恢复旧约法。
关于恢复国会的问题，当时也有两种不同的说法。国会议员任期规定为三年。从一九一三年四月八日召集国会之日起，到一九一六年四月八日，任期已经届满。但在一九一四年一月十日，国会被袁世凯以非法手段解散，所以主张恢复国会者认为应当补足国会议员两年多的任期。另一方面，反对恢复国会者认为，人民的意志是有时间性的，久未改选的国会，已经不能代表人民，没有补足任期的必要。
那时，除北洋军阀外，各省军人、政客和政党“名流”，一致认为北京政府如不恢复旧约法和国会，就不承认它是合法政府，和平统一就没有实现的可能。段祺瑞的威望既不及袁世凯，而北京政府的根基又不稳固，因此段祺瑞对来自各方面的强大压力不能无动于衷。由于约法和国会问题久未解决，新的事态发生了。
六月二十五日，驻沪海军总司令李鼎新、第一舰队司令林葆怿、练习舰队司令曾兆麟联合发表宣言，因拥护旧约法而向北京政府宣告独立。宣言说：“.·····今黎元洪大总统虽已就职，北京政府仍根据袁世凯氏擅改之约法，以遗令公布，又岂能取信天下，餍足人心，其为帝党从中挟持，不问可知。我大总统陷于孤立，不克自由发表意见，即此可以类推。是则大难未已，后患方殷。·····今率海军将士加入护国军，以拥护今大总统、保障共和为目的。非俟恢复元年约法、国会开会、正式内阁成立后，北京海军部之命令，概不承受。”
海军的独立，使段祺瑞感到事态日益严重和自身日益陷于孤立。
当时，中国海军共有三个舰队，第一舰队是海军的主力。只有第二舰队未加入护国军！。海军力量虽不雄厚，但一向掌握在北洋军阀的手里，在国民党反袁世凯战争时期，曾经帮助袁世凯起过很大的作用，在护国战争时期，袁世凯又经常利用它运兵南下，威胁沿海各独立省区。这次海军的独立，却是另外一种独立，是高举“护法”旗帜、反对段祺瑞而不反对黎元洪的一种独立。
海军的独立，不仅严重威胁北洋派势力下的东南沿海各省，而且护国军很有可能利用海军运兵北上，北方地区也将受到威胁。在此情况下，段祺瑞终于被迫放弃其不肯恢复旧约法和国会的成见。
六月二十九日，北京政府公布恢复民元约法。命令说：“共和国体，首重民意。民意所寄，厥惟宪法。宪法之成，专待国会。我中华民国国会自三年一月十日停止以后，时越两载，迄未召复，以至开国五年，宪法未定，大本不立，庶政无由进行。亟应召集国会，速定宪法，以协民志而固国本。
宪法未定以前，仍遵行中华民国元年三月十一日公布之临时约法，至宪法成立为止。其二年十月五日宣布之大总统选举法，系宪法之一部，仍应有效。”同日发布命令，定于八月一日召集国会复会。
同日下令裁撤参政院。关于约法问题和国会问题，段祺瑞虽被迫屈服，但是惩办帝制祸首问题还是段祺瑞与西南各省相互争执的另一焦点。
袁世凯死后，著名辫子军大帅张勋在徐州主演了一场“群英会”，对时局前途投下了一道极其暗淡的阴影。
张勋不是效忠于袁世凯的帝制派，而是自命为效忠于清室的复辟派。袁世凯死之前，江苏将军冯国璋在南京召集会议，企图利用袁世凯与护国军对抗的局势，造成第三种力量，从而取得临时总统。袁世凯得到这个消息，就采取“以毒攻毒”的策略，任命张勋督理安徽军务，指使他驱逐冯而以督理江苏军务一职为饵。因此，张勋和袁世凯的死党倪嗣冲串通一气地捣乱南京会议，使冯的总统做不成，南京会议无结果而散。
不久袁世凯死了，张勋把参加南京会议的各省军阀代表邀往徐州开会，参加者有奉、吉、黑、直、豫、晋、皖七省代表，川、湘、鄂、赣、鲁五省代表则因志趣不同没有参加，福建代表也没有及时赶到。当七省代表到徐州的一天，张勋发表了“保境卫民”的虞电（六月七日）。同一天，张向各省代表高谈阔论地讲到“大清朝的深仁厚泽”，各省代表洗耳恭听，不置可否。
徐州会议自六月九日开始。张勋派参谋长万绳栻宣布“会议要纲”十条，以“固结团体，巩卫中央”作为烟幕，骨子里却是想组织北洋军阀的各省军事攻守同盟，用以挟制北京政府，对抗西南护国军，保全他们的权力地位。
参加会议的各省军阀代表正因袁世凯之死感到前路茫茫，对北洋派的解体和西南护国军的声势感到忧虑，自然乐于接受这个计划，而张勋也正是要利用这个形势来取得北洋派领袖和“各路诸侯大盟主”的地位的。
此时，外间有徐州会议讨论复辟问题的谣言。因此，在会议进行的第二天，张勋有蒸电（六月十日）给北京陆军部次长田中玉、巡警厅总监吴炳湘说：“勋在前清受恩深重，而袁世凯大总统二十年知遇之感，尤非恒泛，故居常对人言，君恩不可忘，知遇之感不可负。第此纯系私感。至大势所趋，则勋素以国家为重，万不肯以一毫私见羼于其间。今者国家多故，变出非常，适勋邀集各省代表在徐集会，并有谣传谓勋主张复辟，业于昨开会时当众宣言，实无其事。”
徐州会议议决十条：（一）尊重清室优待条件；（二）保全袁世凯大总统家属生命财产及其身后一切荣誉；（三）要求政府依据正当选举手续，速行组织国会，施行完全宪政；（四）电劝独立八省取消独立，否则准备以武力对待；（五）绝对抵制迭次倡乱的一般“暴烈分子”（指国民党员）参预政权；（六）严整兵卫，保全地方；（七）抱定正当宗旨，维持国家秩序，设有用兵之处，所需军旅饷项，仍当通力合筹；（八）拟俟国事稍定，联名电请政府罢除苛细杂捐，以苏民困；（九）嗣后中央设有弊政足为民害者，务当合力电争，以尽忠告之义；（十）中央实行减政，固结团体，遇事筹商，对于国家前途，务取同一态度。
其实，所谓徐州会议事实上只是辫子军大帅的“单人舞”，各省军阀代表洗耳恭听，既未引起争论，也未交换意见。这十条都是根据张勋的“会议要纲”照写下来的。
段祺瑞得知徐州会议的消息，马上派段祺瑞芝贵秘密到徐州进行活动。段祺瑞是一个以北洋派正统自居的人物，从来看不起自命为北洋派大将而实际是杂牌军出身的张勋。但是，他此时继承了北洋派领袖的地位，对于北洋派附属军也必须加以拉拢，以壮大自己的声威。对于张勋，既可用以牵制冯国璋，又可用以对付护国军，对他说来，当然更有拉拢的必要了。
张勋却是个妄自尊大的老粗，他对袁世凯尚且不买账，当然不会把段祺瑞放在眼下。但是，此时段祺瑞已经成为北洋派的新主人，而他与冯国璋不睦，也感到有联段祺瑞制冯的必要。
徐州会议结束后，张勋公然发出哿电（六月二十日），反对惩办帝制祸首。
电报说：“君主民主，主张各有不同，无非各抒己见。罪魁功首，岂能以成败为衡。······近日南方各省坚执前言，操之弥急，如果相持不下，则南北势成冰炭，仇衅相寻，责难无已，万一战端再启，外人从而干涉，窃恐瓜分之祸，不在帝制发生之日，而在共和再造之时，律以误国之愆，必有尸其咎者！
匪特公论自在人心，即勋一人亦断不承认。而报纸讹传，竞谓勋曾电政府，亦以惩办祸首为请，实系妄相揣测。不知勋素持公道，屡有宣言，定不随声附和，自相矛盾。且落井下石，既非大丈夫所为，而止沸扬汤，究与 大局何益。”
张勋公然把包庇帝制祸首说成是“公论”“公道”，把南方反对帝制说成是“南北之争”，并且用“瓜分”“误国”这类危词吓唬人，这可以想见当年北方军阀猖獗到何等程度。
但是，张勋敢于发出这种议论，并不足以说明他是“素持公道”的“大丈夫”。从袁世凯死亡的一天起，段祺瑞政府就在各方面竭其所能地推崇袁世凯，在命令中把袁世凯说成是一个“赞助共和、奠定大局”的大人物，这些措施被张勋看在眼里，才敢于说出这些“漂亮”的话，表现他在北洋派中是个有血性有气魄的好汉。
徐州会议结束后，各省军阀代表还到彰德参加了六月二十九日的袁世凯的葬礼。
军务院未撤销前，独立各省相约暂不取消独立，要等待北京政府接受西南所提的各项条件后，采取一致行动。但不久就有三个省的军事当局脱离了这个互相制约的共同轨道，响应了北京政府的号召，首先取消独立。
最早取消独立的是陕西都督陈树藩（六月七日），他在通电中公然强调指出：“袁世凯大总统之薨逝，实在未退位以前。依其职权，究属中华共戴之尊，溯其勋劳，尤为民国不祧之祖。所有饰终典礼，拟请格外从丰，并议定优待家属条件，以表我国民未尽之思”。
这个电报引起了北洋派以外全国各方面的极大愤慨。于右任打电报质问他：“阅公阳电，使人发指。陕西独立，取名护国，自当与西南首义诸省取一致行动。今袁世凯氏朝死，暮即取消独立，且股殷推袁世凯为共戴之尊，不祧之祖，是则陕西何必独立，独立岂非叛祖？尤异者，请对袁世凯氏饰终典礼从丰而外，又请定优待家属条件。试问袁世凯氏遗产岂少，何待越俎代谋？军兴以来，战地人民死者不下数百万，此等家属，更谁恤之而谁怜之？”
尽管陈树藩受到陕西和全国人士的严厉指责，段祺瑞对这个鹦鹉学舌的军人却感到十分满意，六月十日发表命令，任命他为汉武将军，督理陕西军务。从此这个非北洋派军人被列为北洋附属军的将领之一。第二个取消独立的是四川都督陈宦（六月八日）。
袁世凯死后，陈宧接到黎元洪的策士蒋作宾、金永炎、哈汉章三人发来的密电说，现在的大总统是湖北人，我们大家都是湖北人，湖北人应该替湖北人争一点面子。你如果取消独立以为西南各省之倡，对大总统表示忠诚，对你也有好处。
陈宦以为现在的大总统不但是他的老乡亲，而且是他的老上司。在袁世凯政府时代，黎元洪一度挂名为参谋总长，而在参谋部负实际责任的，正是当时的参谋次长陈宦。为了与新总统建立良好关系，陈宧没有取得军务院和蔡锷的同意，通电取消独立。
陈宧本是个善于为自己打算的人。以前他在宣布独立的通电中亲笔加了“与袁世凯氏个人断绝关系”的一句话，他认为袁世凯大势已去，与袁世凯断绝关系对他没有害处，但他与北洋派的关系仍然存在。
不料段祺瑞对“公”“私”关系却另有一种看法，认为凡是受过袁世凯的私恩的人，由于“公”的关系，反对帝制是可以的，但在私的关系上不能反对袁世凯个人，反对袁世凯个人就是“忘恩负义”，就是背叛“礼教”，也就是北洋派的叛徒。段祺瑞抱有这样一种观念：“你现在与袁世凯断绝关系，将来又何尝不可以与我断绝关系？”此外，根据当时北洋派的一种传说，是陈宧的电报把袁世凯活活气死了的，因此，段祺瑞对陈宧非常不满。
段祺瑞不满陈宦还有其他的一些因素。陈宧取消独立不是响应内阁总理的号召，而是受了总统策士的指使。对总统表示忠诚，显然与段祺瑞置总统于无权无勇之地位的意图不合。
此外，段祺瑞正在与冯国璋竞争北洋派领袖的地位，陈宧与段祺瑞的关系较浅，而与冯的关系较深。四川未独立前，陈宧派有代表到南京接洽；他手下的旅长冯玉祥曾派代表向蔡锷建议倒袁世凯拥冯；陈宦本人也曾秘密向蔡建议，在推翻袁世凯政权之后采行联邦制，推举冯为联邦总统。这些作法都是与段祺瑞的个人利益相矛盾的。
由于这些复杂因素，在陈宧宣布取消独立后，段祺瑞对待他就与对待陈树藩两样，并不给以“将军”和“督理军务”的名义。陈宧因取消独立而不能再称为“四川都督”，又不能归入北洋派的系统内，成了一个两面落空的“将军”。
早在陈宧宣布独立时，袁世凯用“借刀杀人计”，于五月二十五日提升川军第一师长周骏为重武将军、督理四川军务，嗾使他进攻成都，驱逐陈宧。此时袁世凯虽死亡，段祺瑞又授意北洋军驻川统帅曹锟暗中支援周骏，叫他继续进兵成都，取陈而代。因此，周骏派兵进占永川、隆昌、内江之线，并派旅长王陵基率兵五营抵资中，截断成都与叙州的联络线。周骏提出“四川人不打四川人”的口号，用以诱惑护国军方面的四川将领刘存厚、熊克武等。
以前陈宦宣布独立时，曾取得蔡锷的保证，护国军方面承认维持他的都督地位，必要时并可派兵协助他应付来自各方面的敌人。因此陈宦接二连三地向蔡告急。其实，陈宧既然没有取得护国军的同意，单独取消独立，蔡锷在道义上就没有出兵援助的义务了，但是周骏在四川停战时期打着袁世凯所任命的重武将军的旗帜，发动了为个人争地位的不义战争，并且利用地方排外性的口号挑拨川滇军的感情，蔡锷在责任上又不能置之不理。
此时蔡锷患有严重的喉结核病。他是个事必躬亲的人，在以前艰苦作战时期，不但忙于指挥军事，还要亲理文书，因此病情日益恶化。直到此时为止，他手中还只有那支久战疲劳和饷械两绌的孤军。
此时袁世凯氏虽死，北洋军尚未撤退，四川的局势仍然十分严重。他电请唐继尧“将滇省可用之兵，悉数编成作战部队出发，每枪补足千发子弹，速解前线”。唐继尧仍然置之不理。他愤慨地质问唐：“迭电哀恳，迄未照办，同胞将士，深滋疑虑。”
当他接到陈宧万急请援的电报后，只能十分勉强地抽派刘云峰一个梯团由叙州开赴自流井，等候兵力集结后，再向内江、资中出发。
陈宧自己统率的北洋军三个混成旅，在重庆的李炳之旅长已被曹锟扣留，在成都的伍祯祥、冯玉祥两旅也都不肯卖力。他向冯玉祥“一再哀恳”，冯才答应派兵出城抵挡一阵。他只得派新编杨志澄一旅到简阳布置外围防线。这个新编旅没有经过战斗就自行溃散了，对方王陵基的军队一路无阻地由龙泉驿直逼成都，陈宧被迫向周骏乞和，约定一星期内献出成都。周骏限他三天内缴械投降，否则将用大炮轰城。
这时，唐继尧派两个梯团兼程开到四川，归蔡锷指挥。六月二十五日，蔡锷派罗佩金率领新到的顾品珍梯团往援成都，一面电请北京政府制止周骏攻城。但陈宧已经无力支持，二十六日离开成都，作了北洋派的第一个“逃将军”。
第三个取消独立的是广东都督龙济光（六月九日）。龙以前是在广西护国军和广东各地民军的四面包围下被迫宣布独立的。宣布独立时，他取得了袁世凯的秘密指示和深切谅解，而宣布独立后，他仍然与袁世凯有密电往来，请袁世凯飞调北洋军由海道开到广东以解救他的危机。袁世凯死了，他又与继承袁世凯的段祺瑞取得了密切联系。他是用“诈降计”缓和护国军与民军对广州的攻势，争取时间以待北洋军的来援的。
军务院在肇庆成立时，代理抚军长岑春煊和广西都督陆荣廷曾电请云南护国军第二军总司令李烈钧取道广西、广东向江西进兵。李烈钧率领张开儒、方声涛两个梯团于五月十二日开到肇庆。那时袁世凯尚未死亡，龙济光自己既不愿出兵北伐，又拒绝滇军通过广州，他所假借的理由是说害怕引起主客军的误会和冲突。陆荣廷也正害怕在广东境内引起这种冲突，因而主张对龙妥协，与龙商定滇军假道广东的路线，由肇庆经三水到琶江口，转乘火车到韶关，避免经过广州。
六月七日张开儒梯团到达韶关的时候，龙电令韶连镇守使朱福全闭城不纳，迫使滇军露宿城外，朱军又在城上架炮轰击，因此爆发了北江战争。
龙不就近向军务院请示而擅自取消独立，其用意是在摆脱军务院的管束，完全倒向北京政府的一面。他是个盲目崇拜北洋派的地方军阀，认为北洋派是全国最强大的军事力量，有了北洋派做靠山，他就能够驱逐广东境内的滇军、桂军，恢复他在广东的独占势力。他在取消独立的同时，秘密电请段祺瑞内阁三路出兵“援粤”，除由海道运北洋军来粤外，并令江西、福建两省的北洋军由陆路开进广东，帮助他夹攻滇军，然后再帮助他驱逐桂军。
广东内部发生军事冲突和龙济光擅自取消独立，正符合段祺瑞内阁分化西南的要求。因此，北京政府发表命令对龙大加表扬，说他“具有世界之眼光”。六月二十一日，又派他兼任广东巡按使以酬其功。段祺瑞内阁的三路援龙计划也在加紧布署中。
以上三省不听军务院的命令，单独取消独立，说明护国军内部是不团结的，那些打着护国军旗帜的投机军阀，当他们不需要这面旗帜的时候，就随时把它抛在一旁。同时也说明段祺瑞内阁并无与护国军真诚合作的愿望，只是采取了分化政策与阴谋手腕，以求达到北洋派专政与排斥异己的目的。
关于帝制祸首的问题，西南方面，除云南所提的杨度、孙毓筠、严复、刘师培、李燮和、胡瑛所谓“六君子”和朱启钤、段芝贵、周自齐、梁士诒、张镇芳、雷震春、袁世凯乃宽所谓“七凶”外（合起来称为十三太保），没有人提出更多的名单。
事实上，参加帝制活动的岂止“十三太保”，除了不计其数的政治流氓称臣劝进的而外，还有为袁世凯家皇帝摇旗呐喊的各省北洋军阀在内。西南方面，认为如果牵涉面过广，可能会影响到与北方的和平解决，但对这样一个重大问题又不能避而不谈，因此希望北京政府“象征地”惩办一下，以便对全国人民有所交代。在这个问题上，双方并不存在讨价还价，争多论少的问题。
但是，尽管护国军并不苛求，在这个问题上，段祺瑞与护国军之间也仍然存在分歧。段祺瑞本人与不少帝制祸首具有血肉相联的关系，而且一般帝制派也都是他所尊敬的袁世凯的“谋臣勇士”，他既继承了北洋派领袖的地位，袁世凯的私党就是他的私党，自然不愿对他们有所伤害，只是由于西南提出了这个要求，不能不相应地处理一下。
毫无疑问，所谓十三太保不但是云南护国军指出的“内乱重要罪犯”，应当“明正典刑以谢天下”，而且也是通国皆知的洪宪王朝的罪魁祸首，绝对没有逃避罪行的余地。但在北京政府研究这批祸首名单的时候，首先袁克定由彰德打来急电为雷震春、张镇芳乞情，这两个人就从名单中剔出来了；随后冯国璋为段芝贵乞情，李经羲又力保严复、刘师培是“当代不可多得的人才”，名单中又剔出了这三个人；
黎元洪认为李燮和、胡瑛都是老同盟会会员，为了对国民党表示善意，通缉祸首的名单中不宜罗列与国民党有关的人物，因此这两个国民党变节分子也可逍遥法外了；袁世凯乃宽因与袁世凯有同族之谊，段祺瑞也把他的名字剔出了。这样，“六君子”剩下“两君子”， “七凶”剩下“三凶”，合起来“十三太保”只剩下了“五太保”。
此外，还有人替梁士诒乞情，说他与银行界具有深切关系，留着他替政府筹款也是好的。但是黎元洪大不以为然，他说：“那么，我们不如不下这道命令倒还好些”。因此，梁“财神”仍然榜上有名。
由于祸首的人数越研究越少，北京政府自己也觉得交代不下，才又补进了并非首要分子的顾鳌、夏寿田、薛大可三人，于七月十四日以大总统名义发表命令说：“自变更国体之议兴，全国扰攘，几陷沦亡，始祸诸人，实尸其咎。杨度、孙毓筠、顾鳌、梁士诒、夏寿田、朱启钤、周自齐、薛大可均着拿交法庭，详确讯鞫，严行惩办，为后世戒。其余一律宽免。
这道命令在下笔的时候是费了一番推敲的，因为六月七日发表的命令，还说袁世凯是奠定共和的开国元勋，对他背叛民国一字不提，似乎以前并没有发生过民国中断和推行帝政的事情，那么，在命令中把被通缉的人说成是帝制首犯，就显得非常突兀。因此，在命令中不提帝制而只说“变更国体”，不提帝制行动而只说有“变更国体之议”，这是当时的“秘书人才”舞文弄墨、避重就轻的一种“特长”。
主要策动帝制的袁世凯“太子”不但没有列入名单，还有资格代人乞情。主要帮凶倪嗣冲、段祺瑞芝贵、曹锟、张敬尧、张作霖、吴炳湘、雷震春等也都未被列入。甚至与北洋派具有密切关系的政客也没有一个在内，仅仅拿了几个与北洋派渊源较浅的投机政客开刀。不但如此，在惩办令发表前，北京政府还预先示意榜上有名的人赶快离开北京，因此，杨度、孙毓筠、梁士诒等从容不迫地由北京搬到天津。
不久，这批祸首有的由天津南下到上海、香港一带，有的则被张勋召往徐州礼为上宾。北京法庭没有捉到一个祸首，在北京政府势力下的各地军警和侦察机关，也从来没有进行过认真的缉捕。而那些不在名单之内的洪宪忠臣、帝制健将，由于命令中特别附加了“其余一律宽免”的一句话，就仍然声势煊赫地做着民国的大官，甚至还敢于在北洋派这块招牌下进行下一次的颠覆民国的阴谋活动。
尽管北京政府只下了一道“通而不缉”的命令，西南方面也认为问题得到解决，“护国”任务已经胜利完成。根据军务院组织时的宣言，军务院应当在国务院成立并经国会同意后解除其职权。
梁启超之流力求更早地实现南北和平，极力怂恿唐继尧以抚军长名义，于北京政府发表惩办帝制祸首令的一天，宣布撤销军务院。唐继尧事前未与军务院各抚军进行协商，独断独行地发出了这个通电，而军务院各抚军也都默不作声，于是南北“统一”就告完成了。
早在北京政府下令恢复旧约法的一天，袁世凯政府时期颁布的爵位条例、惩治国贼条例、乱党自首条例均告废止，参政院、肃政厅、北京军政执法处等机关均行裁撤。
黎元洪任命段祺瑞为国务总理，并发表唐绍仪为外交总长、许世英为内务总长、陈锦涛为财政总长、段祺瑞兼陆军总长、程璧光为海军总长、张耀曾为司法总长、孙洪伊为教育总长、张国淦为农商总长、汪大燮为交通总长。唐绍仪未到任前，派陈锦涛兼代外交总长。
七月十二日调任孙洪伊为内务总长、范源濂为教育总长、许世英为交通总长。七日三十一日改派谷钟秀为农商总长。
这个内阁有国民党人，有原来属于君主立宪派而后来转入国民党的投机政客，有进步党分子，其中有些是国会议员。这个内阁也算得是混合内阁，但比起袁世凯时代的“混合内阁”来，所吸收的南方官僚政客更多，这是由于段祺瑞的声望和实力都不及袁世凯，不能不多拉拢几个南方政客来装饰新内阁的门面。
这时，国民党已经解体，其中孙中山所组织的中华革命党原是一个秘密团体，此外也没有建立起一个统一的组织机构。进步党领袖梁启超、汤化龙标榜所谓不党主义，实则企图废弃进步党的旧名 而另组一个新党。
进步党与国民党都是倾向于与北洋派妥协的，他们之间很难找出一个明显的界限来。他们所关心的只是个人的权利地位和小集团的政治分赃问题。在此情况下，国会中有人主张把国民、进步两党合并起来组成一个大党，只因缺少一个双方同意的领袖，这个建议未能实现。
八月一日国会重新开幕，原来国会中两党对峙的局面转变为小党林立的局面。当追认国务总理案提交到国会时，八月二十一日众议院以四百零七票对七票，八月二十三日参议院以一百八十七票对五票获得极大多数的同意通过。因此，内阁与国会之间，北洋派与南方各政党之间，似乎表现出一种袁世凯时期从来未有过的融洽合作的气氛。
但这只是一种表面现象。段祺瑞是袁世凯的一个化身，当他取得了合法地位并且稳定了北方局势以后，他必然要循着袁世凯的道路前进，因此西南军阀和政客官僚对段祺瑞所采取的和平妥协政策，换得来的也仍然是短期的和平和虚伪的统一。