Unnatural

时间：2023-08-07

　　1. 纪录片:非自然选择 1.1 CRISPR-Cas9的出现 1.2 故事1:先天性基因缺陷而失明的小孩 1.3 故事2:基因变异的蚊子 1.4 基因技术应用的现状 1.5 担忧 2. CRISPR基因编辑 2.1 Cas9 2.2 Cas12a(以前称为Cpf1) 2.3 Cas9与Cpf1 2.4 Anti-CRISPR 2.5 CRISPR/Cas工具 3. 基因敲除 4. DNA,RNA,染色体,基因,蛋白质 4.1 概念 4.2 DNA和RNA 4.3 物质关系: 4.4 功能关系: 4.5. 核酸模拟软件比较 5. RNA干扰(RNAi) 6. 生物黑客(biohack) 7. 其他链接

　　关键字: biohackers, 生物黑客(Biohack), CRISPR, 基因编辑, Unnatural Selection, 物竞人择

　　本文大部分内容为维基百科摘录，详细信息请看相关链接!

　　https://en.wikipedia.org/wiki/Unnatural_Selection_(TV_series)

　　非自然选择(或程式化的，物竞人择)是Netflix在2019年10月发行的电视纪录片。

　　概述基因工程,DNA编辑技术 CRISPR，从科学家,企业和角度探讨，biohackers在他们自己家做试验(车库实验室). 导演: 里奥·考夫曼, 乔·埃格兰德 Leeor Kaufman, Joe Egender 剪切,粘贴,生活

　　Cut, Paste, Life 编辑基因的技术可能有助于消除某些疾病- 生物黑客尝试该技术-科学家研究相关的伦理学考虑.

　　The technique of editing genes may help eliminate some diseases

　　– biohackers experiment with the technique

　　– scientists study related ethical considerations. 第一个尝试

　　The First to Try 尝试新的基因疗法可能会(或可能不会)改善患者的生命.根本不能保证改善.

　　Trying new gene therapies may (or may not) help the lives of patients

　　– there are considerable risks involved; improvements are not at all assured. 改变整个物种

　　Changing an

　　Entire Species 编辑基因的后果可能是巨大而深远的- 物种可能会以不可预见的方式被修饰,或者可能被彻底淘汰

　　The consequences of editing genes may be considerable and far-reaching

　　– species may be modified in unforeseen ways or, perhaps, eliminated entirely

　　– ethicists and others are deeply concerned. 伦理学家和其他人对此深表关切我们的下一代

　　Our Next

　　Generation 一对夫妇在基辅的纳迪亚诊所等待他们的"三人婴儿",该诊所采用核移植技术.

　　A couple waits for their "three-person baby" in the Nadiya Clinic

　　In Kiev that employs pronuclear transfer techniques.

　　https://post.smzdm.com/p/av7mw6om/

　　https://zhuanlan.zhihu.com/p/88929273

　　2016 年，「CRISPR-Cas9」技术诞生于加州大学实验室，它的出现立刻轰动了整个生物学圈。

　　CRISPR 是来自细菌的一串 DNA 序列。当外来 DNA(通常是病毒)进入细菌时，CRISPR 可以把它整合后转录为 RNA，引导 Cas 蛋白剪切掉「入侵者」。

　　利用这个特性，CRISPR-Cas9 技术就化作了一把「分子手术刀」，用于精准修改和重新编辑 DNA。

　　无论是动物，植物还是人体，皆可使用。而 CRISPR-Cas9 最颠覆的地方在于:快速，超低成本，高精度，易操作。

　　在任何实验室，一个工作台、几套入门级的医疗器械、外加网上下载的操作流程，就能完成生物的 DNA 编辑操作。

　　「之前我以为，改造基因需要数百万美元和专业的研究团队与实验室，」大卫说:「现在你会惊讶地发现，YouTube 上就有你所需要的一切。」

　　大卫是一个被称作「生物黑客」(Biohack)群体的一员，这些人的所作所为，在外人看来跟一帮科学疯子无异。

　　他们在车库，农场搭建简陋的实验室，从黑市购买各种药物和器械，进行各种堪称疯狂的实验:改造动物，(企图)治愈绝症，甚至自我注射基因药物，尝试让自己变成「变种人」。

　　在两岁时，杰克逊因为「先天性基因缺陷」而视力减退，随着年龄增长，他最终会彻底失明。基因缺陷，这是绝症。

　　转机出现了——美国食品药品监督管理局(FDA)批准了一种基因疗法。在新疗法上市几个月后，杰克逊就果断接受了治疗。

　　医生摘除了他的视网膜，向眼球注射了几滴被称作「Luxturna」的药物。

　　接下来的故事宛如童话故事中的魔法:杰克逊从只能看到「模糊的一片光」，到可以玩拼图、给妹妹拍照，准确读出书上的字母…...

　　目前已上市的基因疗法，价格动辄数十甚至数百万美元，让杰克逊复明的「基因针」费用就高达 85 万——尽管保险公司承担了一部分，余下的还是让他的父母压力甚大。

　　非洲的蚊子已经出现了抗药性的基因变异，传统手段无法扑杀它们。科学家将目光投向了基因编辑技术。

　　将工程编辑过的 CRISPR 注射入蚊子胚胎，这样转基因过的蚊子只会繁衍出雄性。且可以遗传给下一代。

　　「雄性不吸血，不会传染疟疾，」阿历克斯·西蒙尼博士说:「而且随着雄性数量增加，最终会导致蚊子族群的崩溃；没有蚊子，非洲就没有疟疾。」

　　上面仅仅是近几年基因编辑技术的两个小小的应用。

　　从提高农作物单产到治疗遗传性疾病，乃至改造人体机能，发明不存在的生物……基因编辑在理论上都可以做到。

　　美国纽约的生育研究所，有超过 200 名父母在这里接受了血液基因检查，为的是「定制」自己下一代的瞳孔颜色。

　　地球另一端，以华裔博士张进为首的生物学家，为患有基因性不孕不育的夫妻进行「原核移植」——引入第三人的线粒体替代夫妇一方的缺损基因，人工培育出「三个父母的孩子」。

　　这一「人工定制胚胎」项目因违反美国法律，不得不将诊所设在乌克兰的基辅。

　　尽管如此，前来咨询的父母还是络绎不绝，有相当一部分人已经借助这一基因修改技术诞下婴儿——健康的婴儿。

　　「我不觉得我的孩子有什么问题」父亲说，「假如我有一辆宝马车，难道换个轮胎，这车就不是车了吗？」

　　对 CRISPR 可能被「武器化」的质疑从未停止:如果科学家有能力通过修改基因灭绝蚊子，有没有可能以相同手法灭绝某一人类种族？

　　安全性的担忧也不绝于耳:将改造过的生物散布到自然界，究竟会有何种影响？

　　可能造成不可逆的发展或破坏的技术有:基因编辑技术，AI智能，核武器...

　　https://en.wikipedia.org/wiki/CRISPR_gene_editing

　　CRISPR基因编辑是一种可以编辑生物体基因组的方法。它基于细菌CRISPR / Cas(CRISPR-Cas9)抗病毒防御系统的简化版本。

　　通过将与合成的指导RNA(gRNA)复合的Cas9核酸酶递送到细胞中，可以在所需位置切割细胞的基因组，从而去除现有的基因和/或添加新的基因。

　　CRISPR-Cas9基因组编辑是使用II型 CRISPR系统进行的。

　　当用于基因组编辑时，该系统包括Cas9，crRNA，tracrRNA以及可用于非同源末端连接(NHEJ)或同源性定向修复(HDR)的DNA修复模板的可选部分。

　　CRISPR技术

　　https://en.wikipedia.org/wiki/CRISPR

　　CRISPR(群集规则间隔开的短回文重复序列)是一个家族的DNA序列内发现的基因组的原核生物，如细菌和古细菌。

　　这些序列来自以前感染过原核生物的噬菌体的DNA片段，用于在随后的感染过程中检测和破坏相似噬菌体的DNA。

　　因此，这些序列在原核生物的抗病毒(即抗噬菌体)防御系统中起关键作用。

　　Cas9(或“ CRISPR相关蛋白9”)是一种酶，使用CRISPR序列作为指导来识别和切割与CRISPR序列互补的DNA特定链。

　　Cas9酶与CRISPR序列一起构成了称为CRISPR-Cas9的技术的基础，该技术可用于编辑生物体内的基因。

　　此编辑过程具有广泛的应用，包括基础生物学研究，生物技术产品的开发以及疾病的治疗。

　　CRISPR-Cas系统是一种原核免疫系统，可赋予对外源遗传元件(如质粒和噬菌体中存在的那些)的抗性，提供一种获得性免疫的形式。

　　带有间隔区序列的RNA有助于Cas(CRISPR相关)蛋白识别和切割外源致病DNA。其他RNA引导的Cas蛋白可切割外源RNA。

　　在大约50％的测序细菌基因组和近90％的测序古细菌中发现CRISPR 。

　　https://en.wikipedia.org/wiki/CRISPR_gene_editing#Major_components 零件功能 crRNA 包含定位宿主DNA正确区段的引导RNA,

　　以及与tracrRNA结合的区域(通常以发夹环形式),形成活性复合物。 tracrRNA 与crRNA结合并形成活性复合物。 sgRNA 单向导RNA是由tracrRNA和至少一个crRNA组成的组合RNAhttps://en.wikipedia.org/wiki/List_of_RNAs Cas9 活性形式能够修饰DNA的蛋白质。由于Cas9的DNA位点识别功能,存在许多具有不同功能的变体(即单链切刻,双链断裂,DNA结合)。 Repair template 指导细胞修复过程的DNA,允许插入特定的DNA序列

　　https://en.wikipedia.org/wiki/Cas9

　　研究人员研究了一种来自化脓链球菌的简单CRISPR系统，该系统依赖于Cas9蛋白。

　　Cas9核酸内切酶是一个四组分系统，其中包括两个小的crRNA分子和反式激活CRISPR RNA(tracrRNA)。

　　詹妮弗·杜德娜(Jennifer Doudna)和艾曼纽·夏蓬蒂埃(Emmanuelle Charpentier)通过将两个RNA分子融合到一个“单向导RNA”中，将Cas9内切核酸酶改造成一个更易于管理的两组分系统，当与Cas9结合使用时，它可以发现并切割指导RNA指定的DNA靶标。

　　通过操纵引导RNA的核苷酸序列，可以将人工Cas9系统编程为靶向任何DNA序列进行切割。包括Virginijus?ik?nys以及Gasiūnas，Barrangou和Horvath 在内的另一组合作者表明，来自嗜热链球菌CRISPR系统的Cas9 也可以通过改变其crRNA的序列进行重新编程，以靶向其选择的位点。这些进步推动了使用改良的CRISPR-Cas9系统编辑基因组的努力。

　　CRISPR已被修改以制造可编程转录因子，使科学家能够靶向和激活或沉默特定基因。

　　CRISPR-Cas9系统已显示可对人三核合子进行有效的基因编辑，该酶在中国科学家P. Liang和Y. Xu于2015年的论文中首次描述。

　　https://en.wikipedia.org/wiki/CRISPR-Display

　　CRISPR-Display( CRISP-Disp )是CRISPR / Cas9(聚簇的规则间隔的短回文重复序列)系统的修改，用于基因组编辑。

　　CRISPR / Cas9系统使用短链RNA(sgRNA)序列指导化脓链球菌 Cas9核酸酶(作为可编程的DNA结合蛋白)在目标位点切割DNA。

　　https://en.wikipedia.org/wiki/CRISPR/Cpf1

　　2015年，核酸酶Cas12a(以前称为Cpf1)在弗朗西斯菌新孢子虫的CRISPR / Cpf1系统中进行了表征。

　　它的原名来自2012年建立的TIGRFAMs 蛋白质家族定义，反映了它的CRISPR-Cas亚型在Prevotella和Francisella谱系中盛行。

　　Cas12a显示出与Cas9的几个主要区别，包括:引起双链DNA的“交错”切割，而不是Cas9产生的“钝”切割，依赖于“ T富集” PAM(提供Cas9的替代靶向位点)并且仅要求CRISPR RNA(crRNA)可成功靶向。相比之下，Cas9需要crRNA和反式激活的crRNA (tracrRNA)。

　　这些差异可能使Cas12a优于Cas9。例如:

　　Cas12a的小型crRNA非常适合多重基因组编辑，因为与Cas9的sgRNA相比，它们可以包装在一个载体中的更多。

　　同样，Cas12a留下的粘性5'突出端可用于DNA组装，该组装比传统的限制性内切酶克隆更具靶标特异性。

　　最后，Cas12a在PAM位点下游切割DNA 18–23个碱基对。这意味着修复后不会破坏识别序列，因此Cas12a可以进行多轮DNA切割。

　　相比之下，由于Cas9仅剪切PAM位点上游的3个碱基对，因此NHEJ途径导致indel突变，破坏了识别序列，从而阻止了进一步的切割。从理论上讲，DNA的重复切割会增加发生所需基因组编辑的机会。

　　来自 Prevotella和Francisella 1或CRISPR / Cpf1的成簇的规则间隔的短回文重复序列是一种类似于CRISPR / Cas9系统的DNA编辑技术。

　　Cpf1是II类CRISPR / Cas系统的RNA指导的核酸内切酶。这种获得性免疫机制存在于普雷沃氏菌和弗朗西斯菌细菌中。它可以防止病毒对基因的破坏。

　　Cpf1基因与CRISPR基因座相关联，编码一种内切核酸酶，该核酸内切酶使用向导RNA查找并切割病毒DNA。

　　Cpf1是一种比Cas9小且简单的核酸内切酶，克服了CRISPR / Cas9系统的某些局限性。CRISPR / Cpf1可以有多种应用，包括治疗遗传性疾病和退化性疾病。

　　CRISPR-Cas系统分为两类。

　　1类使用几种Cas蛋白以及CRISPR RNA(crRNA)来构建功能性核酸内切酶。

　　2类CRISPR系统使用带有crRNA的单个Cas蛋白。

　　Cpf1最近被鉴定为包含1,300个氨基酸蛋白的II类，V型CRISPR / Cas系统。

　　机制: CRISPR / Cpf1系统由Cpf1酶和引导RNA组成，该RNA在双螺旋的正确位置发现并定位复合物，以切割靶DNA。CRISPR / Cpf1系统活动包括三个阶段:

　　适应:Cas1和Cas2蛋白促进DNA小片段适应CRISPR阵列。

　　crRNA的形成:加工前cr-RNA产生成熟的crRNA以指导Cas蛋白。

　　干扰:Cpf1与crRNA结合形成二元复合物，以识别和切割目标DNA序列。

　　Cas9需要两个RNA分子来切割DNA，而Cpf1需要一个。这些蛋白质还在不同位置切割DNA，为研究人员选择编辑位点提供了更多选择。

　　Cas9在同一位置切割DNA分子中的两条链，留下平末端。Cpf1的一根链长于另一根，形成粘性末端。粘性末端有助于DNA新序列的整合，使Cpf1在基因导入方面比Cas9更有效。

　　尽管CRISPR / Cas9系统可以有效地使基因失效，但插入基因或产生敲入却具有挑战性。Cpf1缺少tracrRNA，利用富含T的PAM并通过交错的DNA DSB切割DNA。

　　CRISPR / Cas9受到知识产权争议，而CRISPR / Cpf1没有相同的问题。

　　总之，Cpf1和Cas9系统之间的重要区别在于Cpf1: 识别不同的PAM，从而实现新的定位可能性。创建4-5 nt长的粘性末端，而不是Cas9产生的钝末端，从而增强了NHEJ或HDR 期间的基因插入效率和特异性。将靶DNA切离PAM的距离更远，再远离Cas9切割位点，从而为切割DNA提供了新的可能性。

　　https://en.wikipedia.org/wiki/CRISPR/Cpf1#Cas9_vs._Cpf1 Feature Cas9 Cpf1 Structure

　　结构体需要2个RNA (或1个融合转录本

　　(crRNA+tracrRNA=gRNA) 需要一个RNA Cutting mechanism

　　切割机构 Blunt end cuts

　　钝端切 Staggered end cuts

　　交错的切口 Cutting site

　　切割现场 Proximal to recognition

　　靠近识别位点 Distal from recognition

　　离识别站点远 Target sites

　　目标地点 G-rich PAM T-rich PAM

　　https://en.wikipedia.org/wiki/Anti-CRISPR

　　抗CRISPR(抗簇规则间隔的短回文重复序列或Acr)是在噬菌体中发现的一组蛋白质，可抑制CRISPR- Cas(某些细菌的免疫系统)的正常活性。

　　CRISPR由可在原核生物中发现的基因组序列组成，这些基因组序列来自事先感染细菌的噬菌体，用于保护细胞免受进一步的病毒攻击。

　　在噬菌体中发生的进化过程产生的抗CRISPR结果是为了避免其基因组被原核生物破坏他们将感染的细胞。

　　https://en.wikipedia.org/wiki/CRISPR/Cas_Tools

　　CRISPR-Cas设计工具是软件平台和生物信息学工具，旨在促进与CRISPR / Cas系统一起使用的指导RNA(gRNA)的设计。

　　https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_knockout

　　甲基因敲除(简称:KO)是一种遗传技术，其中一个中的一个生物体的基因是由不工作(生物体的‘敲除’)。

　　但是，KO也可以指被敲除的基因或携带基因敲除的生物。基因敲除生物或简单的基因敲除通常用于研究基因丧失的影响，从而用于研究基因功能。

　　研究人员从基因敲除生物体与正常个体之间的差异中得出了推论。

　　KO技术本质上与基因敲入相反。在生物体中同时敲除两个基因被称为双重敲除(DKO)。类似地，术语三重敲除(TKO)和四重敲除(QKO)分别用于描述三个或四个被敲除的基因。

　　然而，需要区分杂合 KO 和纯合 KO。在前者中，仅剔除两个基因拷贝(等位基因)中的一个，在后者中，两个基因均被剔除。

　　方法:淘汰赛是通过多种技术完成的。最初，鉴定出自然发生的突变，然后必须通过DNA测序或其他方法确定基因的丢失或失活。 1.1Homologous recombination: 传统上，同源重组是引起基因敲除的主要方法。https://en.wikipedia.org/wiki/Homologous_recombination 1.2特定于位点的核酸酶: 当前使用的三种方法涉及精确地靶向DNA序列以引入双链断裂。...该过程比同源重组更有效，因此可以更容易地用于产生双等位基因敲除。 1.2.1Zinc-fingers 锌指核酸酶: 由可精确靶向DNA序列的DNA结合域组成。每个锌指都可以识别所需DNA序列的密码子，因此可以模块化组装以与特定序列结合。这些结合结构域与限制性内切核酸酶偶联，后者可以在DNA中引起双链断裂(DSB)。修复过程可能会引入破坏基因功能的突变。 https://en.wikipedia.org/wiki/Zinc_finger https://en.wikipedia.org/wiki/Zinc_finger_nuclease 1.2.2TALENS: 转录激活子样效应子核酸酶(TALEN)是限制性酶，可经工程改造以切割特定的DNA序列。 https://en.wikipedia.org/wiki/Transcription_activator-like_effector_nuclease 1.2.3CRISPR / Cas9: 簇状规则间隔的短回文重复序列(CRISPR)/ Cas9是一种基因组编辑方法，其中包含与Cas9蛋白复合的引导RNA。与锌指或TALENs所需的耗时的组装组装相反，可以通过简单的互补碱基配对将指导RNA改造为匹配所需的DNA序列。偶联的Cas9将导致DNA中的双链断裂。遵循与锌指和TALENs相同的原理，修复这些双链断裂的尝试通常会导致移码突变，从而导致无功能的基因。 1.3Knockin: 基因敲入类似于基因敲除，但它取代一个基因与另一个而不是删除它。https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_knockin

　　https://www.zhihu.com/question/22946558

　　我们常说的染色体通常指的是真核生物染色体，真核生物的染色体由DNA:组蛋白:非组蛋白:RNA=1:1:1:0.05组成...

　　DNA: 脱氧核糖核酸由含氮的碱基+脱氧核糖+磷酸组成。因为核糖和磷酸都一样而碱基又可以分为四种（腺嘌呤A，鸟嘌呤G，胸腺嘧啶T，胞嘧啶C） https://en.wikipedia.org/wiki/DNA RNA: 核糖核酸由含氮的碱基+核糖+磷酸组成，而组成脱氧核糖核酸的碱基是：腺嘌呤A，鸟嘌呤G，尿嘧啶U，胞嘧啶C。 https://en.wikipedia.org/wiki/RNA https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_RNAs 蛋白质: 由氨基酸构成的生物大分子。 https://zh.wikipedia.org/zh/蛋白质 https://en.wikipedia.org/wiki/Protein 基因: 是遗传的基本单元，是产生一条多肽链或功能RNA所必需的DNA片段。可以简单理解为好长一段DNA链中比较特殊某段。 https://zh.wikipedia.org/wiki/基因 https://en.wikipedia.org/wiki/Gene 染色体: 细胞内具有遗传性质的遗传物质深度压缩形成的聚合体，易被碱性染料染成深色，所以叫染色体。 https://zh.wikipedia.org/wiki/染色体 https://en.wikipedia.org/wiki/Chromosome

　　RNA的化学结构是非常相似的DNA，但是在三个主要方面不同: RNA的糖分子是核糖，DNA的是脱氧核糖，核糖主链中的羟基通过降低水解的活化能，使RNA 比DNA 更具有化学稳定性。RNA脱氧之后就变成了DNA。四种碱基中有一种不同。DNA中腺嘌呤的互补碱基是胸腺嘧啶，而在RNA中是尿嘧啶，这是胸腺嘧啶的未甲基化形式。与双链DNA不同，RNA 在其许多生物学作用中都是单链分子，由短得多的核苷酸链组成。但是，单个RNA分子可以通过互补碱基配对形成链内双螺旋，就像在tRNA中一样。

　　像DNA一样，大多数具有生物活性的RNA，包括mRNA，tRNA，rRNA，snRNA和其他非编码RNA，都包含自互补序列，该序列允许部分RNA折叠并与自身配对以形成双螺旋。对这些RNA的分析表明它们具有高度结构化。

　　与DNA不同，它们的结构不是由长的双螺旋组成，而是由短螺旋的集合组成，这些螺旋堆积成类似于蛋白质的结构。以这种方式，RNA可以实现化学催化(如酶)。例如，确定核糖体的结构(一种催化肽键形成的RNA-蛋白质复合物)表明其活性位点完全由RNA组成。

　　染色体是由DNA和蛋白质构成的.首先是DNA分子相互连接形成DNA双链，然后双链中继续螺旋形成高级结构，在形成高级结构时有蛋白质（组蛋白）的参入，染色体是基因的载体。

　　https://pic3.zhimg.com/80/1c474556b4e6aa5364f267e4336f37bd_hd.jpg

　　染色体包含DNA，蛋白质（组分包含关系），基因（区域包含关系）；

　　DNA包含基因；

　　蛋白质，DNA，RNA互不包含，各为一体。

　　中心法则主要讲的就是蛋白质，DNA，RNA之间的功能关系；

　　https://zh.wikipedia.org/wiki/中心法則

　　https://en.wikipedia.org/wiki/Central_dogma_of_molecular_biology

　　https://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_nucleic_acid_simulation_software Name View

　　3D Model

　　Build Min MD MC REM Crt Int Exp Imp Lig GPU License Website 评论 Abalone 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 Free Agile Molecule DNA,

　　蛋白质,配体 oxDNA 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 0 1 Free, GPL dna.physics.ox.ac.uk DNA,RNA的粗粒度模型 Ascalaph Designer 1 1 1 1 0 0 1 0 1 1 1 0 Free, GPL biomolecular-modeling.com AMBER SimRNA 1 1 0 0 1 1 1 1 0 1 0 0 Free for Academic,

　　Proprietary Genesilico RNA的粗粒度建模 SimRNAweb 1 1 0 0 1 1 1 1 0 1 0 0 Free Genesilico RNA的粗粒度建模 MDynaMix 1 1 0 1 0 0 1 0 1 0 1 0 Free, GPL Stockholm University 普通MD NAnoscale Molecular

　　Dynamics (NAMD) 1 0 1 1 0 0 1 0 1 0 1 1 Free University of Illinois 快速,并行MD,CUDA Forecaster (Fitted) 1 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 0 Free for academia,

　　Proprietary Molecular Forecaster 小分子与水对接至核酸

　　优化分子动力学蒙特卡洛副本交换方法直角坐标内部坐标显性水隐性水配体相互作用 Min MD MC REM Crt Int Exp Imp Lig

　　https://en.wikipedia.org/wiki/RNA_interference

　　RNA干扰(RNAi)是生物学过程，其中RNA分子通过中和靶向的mRNA分子来抑制基因表达或翻译。

　　DNA指导的RNA干扰

　　https://en.wikipedia.org/wiki/DNA-directed_RNA_interference

　　DNA定向RNA干扰(ddRNAi)是一种基因沉默技术，利用DNA构建体激活动物细胞的内源性RNA干扰(RNAi)途径。

　　DNA构建体被设计为表达自身互补的双链RNA，通常是短发夹RNA(shRNA)，一旦加工，将导致靶基因或多个基因的沉默。

　　通过设计可表达与所需mRNA靶标互补的双链RNA的构建体，可以沉默任何RNA，包括内源性mRNA或病毒RNA 。

　　小干扰RNA (siRNA)

　　https://en.wikipedia.org/wiki/Small_interfering_RNA

　　小干扰RNA(siRNA)，有时也称为短干扰RNA或沉默RNA，是一类双链RNA非编码RNA 分子，长度为20-25个碱基对，类似于miRNA，在RNA干扰(RNAi )途径。

　　它通过转录后降解mRNA，阻止翻译来干扰具有互补核苷酸序列的特定基因的表达。

　　天然反义短干扰RNA

　　https://en.wikipedia.org/wiki/Natural_antisense_short_interfering_RNA

　　天然反义短干扰RNA(natsiRNA)是一种siRNA。它们是长度为21至24 个核苷酸的内源性RNA调节剂，由互补的mRNA转录本产生，然后进一步加工成siRNA。

　　信使RNA(mRNA)

　　https://en.wikipedia.org/wiki/Messenger_RNA

　　信使RNA(mRNA的)是一个大家族的RNA 分子传达遗传信息从DNA到核糖体，在那里它们指定氨基酸的序列蛋白质的产品的基因表达。

　　微小RNA

　　https://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA

　　甲微RNA(缩写的miRNA)是小的非编码RNA分子(含有约22 个核苷酸)在植物，动物和一些病毒中发现的是，在功能RNA沉默和转录后基因表达的调节。

　　https://en.wikipedia.org/wiki/Biohacking

　　生物黑客，又称生物崩客(biohack)，自己动手的生物学家,车库生物学家(garage biologist)等，是为了防止出现技术被少数专业人士所掌握而形成的垄断操纵而产生的一群团体。

　　他们主要是通过网络及其他手段来普及现代生物学知识。

　　生物黑客的目标是把生物技术带出实验室，打破常规实验室的限制，在不同环境下创新发展生物技术。

　　生物黑客可借助纹身针、手术刀、注入装置、微型芯片或各种线路，便可为身体赋予联网能力。 DIYbio 自己动手生物学: 生物技术社会运动,其中个人和小型组织使用与传统研究机构相同的方法研究生物学 https://en.wikipedia.org/wiki/Do-it-yourself_biology https://en.wikipedia.org/wiki/DIYbio_(organization) https://diybio.org/ Grinder(生物黑客): 人们通过植入自己的控制论设备来改变自己的身体 https://en.wikipedia.org/wiki/Grinder_(biohacking) 营养基因组学: 营养使用破解/拿人类生物学的控制 https://en.wikipedia.org/wiki/Nutrigenomics 量化自我: 测量各种生物标志物和行为以优化健康 https://en.wikipedia.org/wiki/Quantified_self 医学自我实验 https://en.wikipedia.org/wiki/Self-experimentation_in_medicine

　　生物信息学

　　https://en.wikipedia.org/wiki/Bioinformatics

　　https://en.wikipedia.org/wiki/Biopython

　　https://en.wikipedia.org/wiki/BioPerl

　　https://en.wikipedia.org/wiki/BioJava

　　生物数据库清单

　　https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_biological_databases

　　https://en.wikipedia.org/wiki/TIGRFAMs

　　TIGRFAMs是一个蛋白质家族数据库，旨在支持手动和自动基因组注释。

　　http://tigrfams.jcvi.org/cgi-bin/index.cgi

　　像Pfam一样，TIGRFAM使用由Sean Eddy编写的HMMER软件包。TIGRFAM由J. Craig Venter Institute生产。它是InterPro中11个成员数据库之一。TIGRFAM的当前版本15.0拥有4488个模型。

　　生物黑客入门(专栏)

　　https://zhuanlan.zhihu.com/c_140980646

　　我们已经拥有了个人电脑,为什么不试试个人生物科技?

　　https://zhuanlan.zhihu.com/p/31179675

　　生物黑客学院-第一课-第一部分

　　该萤光鱼是专利和商标品牌的基因工程荧光鱼: https://en.wikipedia.org/wiki/GloFish

　　类别:基因工程: https://en.wikipedia.org/wiki/Category:Genetic_engineering

　　遗传学词汇: https://en.wikipedia.org/wiki/Glossary_of_genetics

　　遗传学: https://en.wikipedia.org/wiki/Genetics

　　遗传学的一个分支生物学关注的研究基因，遗传变异，并遗传的有机体。

　　DNA和染色体: https://en.wikipedia.org/wiki/Genetics#DNA_and_chromosomes