革新北大的北京大学校长——蔡元培
1912年1月19日，民国元年，他颁布了《普通教育暂行办法》，并主持制定了《大学令》和《中学令》，这是中国的第一个大学和中学校令，他强调要把中学和大学建造成健全国民的学校。任南京临时政府教育总长，主张采用西方教育制度，废止祀孔读经，实行男女同校等改革措施，确立起中国资产阶级民主教育体制。二次革命失败后，携眷赴法，与李石曾等创办留法勤工俭学会。
1912年2月，鲁迅被他邀请到教育部任职。1912年7月，蔡元培因不愿与袁世凯政府合作而辞职。1913年，民国二年蔡元培46岁时，再次赴法国从事学术研究，在留欧的三年时间里，又编撰了不少哲学美学著作。
1915年6月，民国四年，蔡元培48岁时，他与李石曾、吴玉章等发起组织华法教育会，在法国倡勤勤工俭学，希望以次组织帮助更多华人到欧洲求学，后来的周恩来、邓小平等均是通过这个组织的帮助后顺利在法国进行学习的。
1916年夏，黎元洪的北京政府终于明令恢复了民国初年的《临时约法》，孙中山、黄兴等一大批流亡海外的革命党人纷纷相约回国，一些浙江籍议员还发电给远在法国的蔡元培，说是要推选他当浙江省督军。
1916年11月8日，蔡元培与吴玉章一起乘船由马赛回国，抵达上海。1916年12月26日，受命担任北京大学校长。支持新文化运动，提倡学术研究，主张“思想自由，兼容并包”，实行教授治校。“五四”运动中支持学生爱国行动，多方营救被捕学生。1917年1月9日，蔡元培发表就任北京大学校长的演说，对学生提出三点要求：一曰抱定宗旨，二曰砥砺德行，三曰敬爱师长，将“抱定宗旨”置于首位。
1917年，蔡元培聘请《新青年》主编陈独秀为文科学长，并聘请李大钊、胡适、钱玄同等“新派”人物在北大任教，采用“思想自由，兼容并包”的办学方针，实行“教授治校”的制度，提倡学术民主，支持新文化运动。
同年，蔡元培邀请著名哲学家梁漱溟到北京大学讲授印度哲学；徐悲鸿应蔡元培之邀从日本东京返北京，任北京大学画法研究会导师。
1917年7月，胡适从美国学成回国，其时胡适并未获得哥伦比亚大学博士学位，但蔡元培为了让胡适进入北大不惜帮其伪造学历。
1917年7月3日，蔡元培在北大发表热情洋溢的就职演说的余热未散，就向黎元洪总统提出辞职了，措辞委婉，但动因沉郁，那就是抗议张勋复辟。
1917年10月，民国六年，蔡元培50岁时，主持教育部召开北京各高等学校代表会议，讨论修改大学规程，北京大学文科提出废年级制，采用选科制的议案，会议议决通过，决定在北大试行。北大选科制规定每周一课时，学完一年为一个单位，本科应修满80个单位，一半必修，一半选修（理科酌量减少），修满即可毕业，不拘年限；预科应修满40个单位，必修占四分之三，选修占四分之一。选修科目可以跨系。
1918年，他更明确地指出：“大学为纯粹研究学问之机关，不可视为养成资格之所，亦不可视为贩卖知识之所。学者当有研究学问之兴趣，尤当养成学问家之人格。”
1918年5月22日，蔡元培为“中日防敌军事协定”反对政府变相卖国，又向大总统提出辞呈。
1918年11月16日，民国七年蔡元培51岁时，“一战”刚结束，在天安门前组织集会庆祝，发表题为《劳工神圣》的演讲，鲜明提出要“认识劳工的价值”，并喊出了“劳工神圣”的口号。
1919年，蔡元培在北京大学废除科，改原隶属于科的学门为系，设立14个系，废学长，设系主任。原来的文、理、法三科分别改称第一、二、三院，仅作为各系所在地区的标志（因原来三科分布在不同地区），不代表一级机构。
蔡元培 北大校长
1919年5月8日，五四运动爆发后，蔡元培为抗议政府逮捕学生，于5月8日提交了辞呈。并于9日离京。1919年5月13日，北京各大专学校校长向政府齐上辞呈，支持蔡元培。
1919年6月15日，在他发布的《不愿再任北京大学校长的宣言》中说：“我绝对不能再作不自由的大学校长：思想自由，是世界大学的通例。后由于北大师生极力挽留，蔡元培答应只做北大师生的校长。
1920年初，蔡元培与李石曾、吴敬恒，利用庚子赔款，创办中法大学于北京。蔡元培任校长。1920年2月，蔡元培下令允许王兰、奚浈、查晓园3位女生入北大文科旁听，当年秋季起即正式招收女生，开中国公立大学招收女生之先例。
1920年5月，蔡元培聘任地质学家李四光出任北京大学地质系教授，
邀著名作家莎菲回国任北京大学文学教授，8月，聘鲁迅为北京大学讲师。1920年年底，被北京大学派遣去欧洲考察。与法国里昂市长赫礼欧（Herriot），里昂大学医学院院长雷宾（Lepine）等，合作设立里昂中法大学协会，决定在里昂成立中法大学。
1923年春，不满北洋政府教育总长彭允彝破坏法制的行为，提出辞职，离京南下。秋间转赴欧洲，从事研究和著述，并参与要求英、法等国退还庚子赔款兴办教育事项。1924年1月在国民党第一次全国代表大会上，经孙中山提名，当选为候补中央监察委员。1926年初回国。在上海参加苏浙皖三省联合会，配合北伐战争，策划三省自治运动，遭孙传芳通缉。
1927年起，在南京国民政府任大学院院长、司法部长和监察院长等职。1927年3月28日，蔡元培任国民党中央监察委员会会议主席，对吴稚晖提出的弹劾共产党表示附议，主张“取消共产党人在国民党之党籍”。4月2日，蔡元培再次担任主席，蔡元培再次附和吴稚晖关于弹劾共产党的文告，并拿出了《共产党祸党证据及共产党在浙祸党之报告》。国民党南京政府成立后最初两年内，蔡元培在政治上仍然站在蒋介石一边，支持“清共” 。
但与其他人不同的是，在清党的实施过程中，他不支持滥杀，而是希望将这种政治上的弹压行动纳入比较规范的法治范围，即同意清党但反对杀人 。在清党的初期，蔡元培就曾对浙江清党委员会的草菅人命提出了严厉的批评，并要求在清党中必须执行三条原则 ，而且出面营救过可能遭国民党逮捕的共产党人和革命青年 。为劝阻南京国民党当局滥杀行为，蔡元培曾专门撰文劝告国民党当局继承孙中山的高尚人格，以德服人，停止滥杀 。
之后一段时期，蔡元培把精力主要放在组建中央研究院上，他出任中央研究院院长，开始专注国家民族的文化教育和科技事业，并相继辞去了其他职务 。“九·一八”事变后主张抗日，拥护国共合作。1932年，与宋庆龄、鲁迅等发起组织中国民权保障同盟，积极开展抗日爱国运动。曾电救杨开慧烈士，援救许德珩等爱国民主人士，营救丁玲、朱宜权等共产党员 。1940年3月5日，在香港病逝。蔡元培逝世后，国内各主要党派和团体以及要人名流纷纷致电吊唁 。
学术理论
他的教育模式新颖，不拘一格，认为教育是国家兴旺之根本，是国家富强之根基。教育思想灵活，兼容并包，不因学术争议而排斥，广泛吸收各家所长。“教育者，养成人格之事业也。”他主张教育应注重学生，反对呆板僵化。他还提倡美育、健康教育、人格教育等新的教育观念。
思想自由 兼容并包
蔡元培为人宽厚、恻隐为怀，对中国社会及陋俗有透彻观察;两度游学欧洲、亲炙文艺复兴后的科学精神及法国大革命后的思潮。他提倡民权与女权，倡导自由思想，致力革除“读书为官”的旧俗，开科学研究风气，重视公民道德教育及附带的世界观、人生观、美学教育。
梁漱溟曾说，蔡元培从思想学术上为国人开导出一股新潮流，冲破了旧有习俗，推动了大局政治，这是十分正确的。正是因为蔡先生的兼容并包、思想自由，使得新文化有了立脚之地，使得北大成为新文化运动的堡垒，科学民主的思想得以传播。因此从这个意义上讲，蔡元培不仅是现代北大的缔造者，也是中国现代大学理念和精神的缔造者。
蔡元培作为近代中国文化界的卓越先驱者，其著名的文化思想和学术观点，曾对中国的历史进程发生过重要的影响。蔡元培任北京大学校长时提出的“兼容并包”的学术思想，不仅成为他主持北大教育工作的重要指导思想，同时也是他所坚持的办学原则。此思想提出后，一批具有新文化、新思想的代表人物进入北大，北大因此而成为中国思想活跃、学术兴盛的最高学府。因此，“兼容并包”思想在接纳新文化、反对封建文化方面起到了积极作用。
民族学研究
蔡元培先生在教育和美学方面的贡献有目共睹，但在民族学方面的贡献却鲜为人知。蔡元培在自写年谱中称，自己的梦想之一就是写一本《比较民族学》，“以研究民族学终老”。
蔡元培赴京殿试时，在有关西藏的策论题中，他详述西藏“地域广袤，山川道里”。
1901年蔡元培在《学堂教科论》中说：”以前的历史只记帝王之事，不记民生风俗，以致于一群强弱盛衰之数，终不可稽。“
1908年至1911年在德国莱比锡大学学习哲学、文学、文明史和民族学。
1924年8月出席国际民族学会第21次大会。1924年11月至1926年2月在德国汉堡大学专修民族学。
1926年至1934年蔡元培先后发表了《说民族学》、《民族学与社会学》、《民族学上之进化观》等文章。
1927年中央研究院成立之时，蔡元培希望成立一个民族学研究所，但因人力物力有限，这个希望未能实现。
1928年社会科学研究所成立，蔡元培在研究所中增设民族学组，亲任组长兼研究员。在民族学组里开展了下列研究。
教育独立思想
“教育独立”作为一种思潮，萌发于“五四”之前，发展兴盛于20世纪20年代。由于军阀混战，经济凋敝，北洋政府又不重视教育，国家预算中教育经费比例极低，如1920年前后国家预算中教育经费仅占1.2%左右。仅此有限的预算内经费还常被侵占挪用，也不能如数到位，导致教育经费奇绌，教育事业陷于难以为继的程度。
蔡元培一贯视教育为救国的基本途径，推崇思想、学术自由，加之身为北京大学校长，对政府官僚掣肘、摧残教育有深切的感受，因此是教育独立的积极倡导和支持者，并从理论上加以引导。1922年3月，他在《新教育》上发表了《教育独立议》一文，阐明教育独立的基本观点和方法，成为教育独立思潮中的重要篇章。
他认为政党与教育的对立表现为：
①教育要平衡发展人的个性和群性，政党则不然，它要造成一种特殊的群性，为本党服务，抹杀受教育者的个性。
②教育是求远效的，着眼于未来，其效果不可能在短期内表现出来，所以讲“百年树人”。而政党是求近功的，往往只考虑眼前的利益。
③在政党政治背景下，政权在各党派之间更迭，由政党掌管教育，必然会影响教育方针政策的稳定，影响教育的成效。所以他认为教育要超脱各派政党之外。
为实现教育的真正独立，蔡元培设计了教育经费独立、教育行政独立、教育独立于宗教的具体措施，其中关于教育行政独立的方案是：分全国为若干个大学区，每区设立大学一所，区内的高等专门教育，中、小学教育，社会教育，文化学术事宜均由该大学校组织办理。大学的事务，由大学教授组成的教育委员会主持，校长由教育委员会选举产生。各大学区大学的校长组成高等教育会议，处理各大学区间的事务。教育部只负责处理经高等教育会议议决而与中央政府发生关系的事务，及教育统计报告等，不干涉各大学区事务，教育总长必经高等教育会议认可。这一设想成为南京国民政府初期实施“大学区制”的框架基础。
大学性质探讨
蔡元培认为大学应当成为研究高深学问的学府，这是蔡元培办学的指导思想，也是他大学教育思想的出发点。早在1912年5月16日，他以教育总长身份出席北京大学开学典礼，在演说中就提出“大学为研究高尚学问之地。”在担任北京大学校长后。他更是反复申述这一思想。1917年1月9日，他在就任校长的演说中，明确的向学生说明：“诸君来此求学，必有一宗旨，欲求宗旨之正大与否，必先知大学之性质。今人肆业专门学校，学成任事，此固势所必然。而在大学则不然，大学者，研究高深学问者也”。
他还提出，大学不能只是从事教学，还必须开展科学研究。他要求大学教员不是灌输固定知识，而是对学问有浓厚的研究兴趣，并能引起学生的研究兴趣；大学生也不是死记硬背教员的讲义，而是在教员的指导下自动的研究学问。为了使大学能承担起教学，科研双重任务，他极力主张“凡大学必有各种科学的研究所”。他在《论大学应设各科研究所之理由》的文章，详列了三点理由：
一是“大学无研究院，则教员易陷入抄发讲义不求进步之陋习。”
二是设立研究所，为大学毕业生深造创造条件。
三是使大学高年级学生得以在导师指导下，有从事科学研究的机会。
五育并举
蔡元培是第一位提出“军国民教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育、美感教育皆近日之教育所不可偏废”的教育思想家，主张五育并举，这是蔡元培教育思想的一个显著特点。
提出背景
辛亥革命胜利不久，南京临时政府刚刚成立时提出来的。要使资产阶级对封建教育的改革能够深入、健康地开展，迫切需要在统一的教育思想指导下，尽快地确定一个反映资产阶级要求的教育宗旨，来规定资产阶级对于人才培养的目标和要求，只是在这样的形势下，1912年2月间蔡元培发表了著名的教育论文《对于新教育之意见》比较系统地提出了五育并举的思想。
军国民教育
（一）从国外环境看来，中国处于“邻强交逼，亟图自卫，而历年丧失之国权，非凭借武力，势难恢复。”
（二）就国内情况而言，要打破军人成为“全国中特别之阶级”的局面，就“非
行举国皆兵之制，否则无以平均其势力”。
实利主义教育
实利主义教育被蔡元培认为是富国的手段，他认为世界的竞争不仅仅是在武力，尤其是在财力。因此加强科学技术教育，提高生产力，发展国民经济，国家 富强才能够在世界竞争中生存下来。
公民道德教育
他把西方近代资产阶级“自由、平等、博爱”的道德观念，分别比做中国古代儒家所提倡的“义、恕、仁”。他主张广泛吸收国外文化，同时“必择其可以消化者而吸收之”，并且“必须以“我”食而化之，而毋为彼此所同化”，他批评有些志行薄弱者，一到国外留学，“即弃捐其“我”而同化于外人”。
世界观的教育
世界观教育是建立在把世界划分为现象世界和实体世界这个唯心主义世界观的基础下，要求人们遵循思想自由，言论自由的原则，不要被束缚于某一学说的思想，在当时具有打破几千年思想专制统治的解放作用。
美育教育
美育教育是进行世界观教育最重要的途径，使人们从现象世界通向实体世界所必经的桥梁。美育教育的重要性源于其特点，人从现象世界通向实体世界存在的障碍不外两种意识，一是人我之差别、二是幸福之营求。
改革措施
蔡元培数度赴德国和法国留学、考察，研究哲学、文学、美学、心理学和文化史，为他致力于改革封建教育奠定了思想理论基础。
改革封建教育
北京大学改革宗旨：改变学生的观念，整顿教师队伍，延聘积学热心的教员，发展研究所，广积图书，引导师生研究兴趣，砥砺德行，培养正当兴趣。 蔡元培大学教育思想的基本特征是民主和科学，目的是要把大学办成高水平的教学科研中心。
贯彻“思想自由，兼容并包”的办学原则
“思想自由，兼容并包”也体现在教师的聘任上，蔡元培以“学诣为主”，罗致各类学术人才，使北大教师队伍一时出现流派纷呈的局面。如在文科教师队伍中，既集中了许多新文化运动的著名代表人
物，也有政治上保守而旧学深沉的学者。在政治倾向上，有的激进，有的保守，有的主张改良。在新派人物中，有马克思主义、三民主义、无政府主义、国家主义的不同代表。当时的北大，《新潮》与《国故》对垒，白话与文言相争，百家争鸣，盛极一时。
教授治校，民主管理
1912年由蔡元培主持制定的《大学令》中，即已确立了教授治校、民主管理的大学校务管理原则，规定大学设立评议会，各科设立教授会，但在北大没有得到很好施行。蔡元培初到北大时，仍然“是一切校务，都由校长与学监主任庶务主任少数人办理，并学长也没有与闻的”。蔡元培任校长后，当年即组织了评议会，从全校每5名教授中选举评议员1人，校长为当然的评议长。评议会为全校最高的立法机构和权力机构，凡学校重大事务都必须经过评议会审核通过，如制定和审核学校各种章程、条令，决定学科的废立，审核教师学衔，提出学校经费的预决算等。接着组织各门教授会，由各门的教授公举教授会主任，任期两年，其职责是：分管各学门的教务，规划本学门的教学工作。
管理体制的改革，体现了蔡元培教授治校、民主管理的思想，目的是把推动学校发展的责任交给教授，让真正懂得学术的人来管理学校。新的管理体制的建立，改变了京师大学堂遗留下来的封建衙门作风，提高了工作效率，从而促进了学校的蓬勃发展。
沟通文理，废科设系，改变“轻学而重术”的思想
蔡元培担任北大校长后，又进一步主张“学术分校”理由有两条：第一、文理两科，专署学里，其他各科偏重于致用；第二、文理两科，设有研究所，实验室等设备，如若遍设其他各科，就要增设病院，工场等，困难更大。
主张学术分校，大学专设文理两科，显然是对民国元年“大学以文理两科为主”见解的发展，目的是为了突出大学的性质在于研究学理，在蔡元培看来，“学”与“术”可分为两个名词，“学”为“学理”，“术”为“应用”。文、理是“学”，法、商、医、工、农皆为应用，为“术”。学与术虽然关系密切，但学为基本，术为枝干。
蔡元培在看到了文、理分科所造成的流弊之后，进一步主张“沟通文理”。他说文理是不能分科的，文科的史学、文学均与科学有关，而哲学全以自然科学为基础。同样，理科各学科都与哲学有关，自然哲学，尤为自然科学的归纳。而且，由于学科之间的彼此交错，有些学科简直无法以文、理科来区分。因此，他主张沟通文理，和为一科。1919年，北大进行改革，撤销文、理、法三科界限。全校设立14个系，废学长，设系主任。
创办学校
蔡元培重视劳动教育、平民教育和女子教育。他在北京大学办校役班和平民夜校，在上海创办爱国女校。
1928年，他创办国立艺术院，后来发展成为中国美术学院，这是近代中国第一所实施本科等的最高美术教育机构，亦是联合国教科文组织唯一承认学历的中国美术类大学，以弘扬民族文化，融合中西艺术，创造时代艺术为办学宗旨。